20170308新聞補充：
新聞刊出後，有農友反應：「上農會查詢結果，農會回應說他們沒有收到公文，不知道詳細細節無法作業，請農友等待消息。這樣的政府根本是祇會畫大餅，說一套做一套，欺上瞞下，農民就是那麼好欺騙，難怪有機農業一瘸不振。」
上下游記者求證農委會，農業資材組王組長表示：友善環境耕作肥料補貼措施還未上線，該項措施要點、包含友善農業的定義都還在討論，目前已經把初步規劃要點提報給農委會審查，要等主委同意，預計還有一段時間。若正式通過，農糧署會立即上網公告。
───────以下為原始新聞───────
化肥施過量，不只會讓土壤酸化、病蟲害氾濫，雨水沖刷後，流進河川、海洋還會造成汙染，農委會為鼓勵農民朝友善、有機耕作，減少化肥使用，今年預計投入12億，提高有機質肥料等補助，從每公頃2萬拉高至3萬元，此外，還首度透過補助鼓勵農民使用微生物肥料改善土壤，每公頃最高有5000元。
友善環境耕作肥料補貼措施即日起開始實施，有意使用有機質肥料、微生物肥料耕作的農民可盡快向各地農會提出申請。
化肥用量佔整體肥料用量85%
台灣化肥用量長期過高，約是國際平均的1.6倍，去年化肥使用量約有95萬噸，占整體肥料用量85%；政府長期對肥料施以「價差補貼」，最高時期年補助額高達50億，農民拿到的化肥價格便宜，容易「用免驚」，甚至整包用倒的灑在田間。
為推廣農民以友善環境的方式耕作，農委會去年著手檢討化肥的價差補貼政策，今年決定讓化肥價格「回歸市場機制」，農糧署農業資材組組長王安石解釋，過去化肥隨國際行情上漲時，都是由政府買單，農民只需負擔製肥原料等，無形中讓農民過度使用、破壞了土地，如今減少化肥補貼、增加有機質肥料等補助，希望能促進耕作模式的轉型。
農委會今天特別選在嘉義水上鄉發表這項新政策，身為農家子弟的農委會主委曹啟鴻表示，小時候每每看父親肥料用過多，都會很擔心，因為很傷身，上任後一直希望能推動有機質肥料的使用，擴大國內有機種植的面積，而提高有機質肥料等補助就是一個開始。
減少化肥價差補助 農委會投注12億鼓勵友善農耕
這項友善環境耕作肥料補貼措施共有六大項，農委會預計投入12億元，除有機或友善耕作使用有機質肥料，每公頃從2萬提高至3萬元外，慣行農耕轉型使用有機質肥料，補助額也從每公頃0.9萬提高至1.2萬元。
另外，為鼓勵農民從土壤照顧起，農委會首度對微生物肥料和土壤改良進行補助，農民施用微生物來平衡土壤菌相，每公頃最高可補助5000元，若透過微量元素等方法來改善土壤過鹼等問題，每公頃最高補助3000元，至於市場普遍較能接受的有機質化肥，例如台肥43號、39號，農委會也補助每公噸500元的運費，以此鼓勵農民淘汰傳統化肥。
「土壤是作物的母親，照顧好土壤就能解決許多耕作問題。」長期研究微生物肥料的中興大學土壤環境科學系教授楊秋忠表示，土壤就像人的胃腸，而植物的根就是腸子，肥料下太重，作物沒辦法全部吸收，會留在土壤裡變成沉澱物，任土壤鹽化，此時就得靠微生物肥料讓這些沉澱物釋放出來，但他強調，微生物肥料只是補充，最重要的還是農民要建立合理化施肥的觀念，減少化肥使用，土壤才能常保健康。
在嘉義水上鄉從事小番茄友善栽培的農民王筱君表示，農委會願意挹注資源，補助在有機和友善生產上是件好事，但友善生產還有太多面向無法被大眾理解，例如用有機質肥料、少用化肥能降低水汙染，溫室採滴灌方式澆水能少抽地下水，這些價值無法反映在終端售價上，而民眾還會有一種有機或友善農產比較貴的刻板印象，這都有賴政府透過教育的方式進行推廣。
友善農業耕種要從每個小農開始，從點到線，再到全面。畢竟，大家都生活在這塊土地上。認證的過程也要簡易切實，符合每個農民的需求，甚至只是自給自足的小小農戶。我希望的是政府相關單位是真正的有心要把這件事做好。所以，每個農民更有義務要把它做好。全民才有真正的食安，全國才有首善的環境。更期待政府要把農業有機耕種，友善土地列入前瞻計畫。我只是一位三分地的小小農人，九年前退休之後，接手這塊土地，即以生態環境和生物多樣性方式經營。