農漁民靠天吃飯，既享受日光雨水的恩澤，也無可避免地承擔自然災害的風險。在颱風、極端氣候及蟲害病毒的夾擊下，台灣牡蠣產業經營愈來愈辛苦。
颱風帶來的巨浪毀損蚵棚、牡蠣四散，東北季風則刺激牡蠣排精排卵、變得消瘦。澎湖、台南的蚵農又受困於扁蟲與類馬爾太蟲的侵襲，導致生長不良甚至大規模死亡。這些難題都讓台灣牡蠣產量不穩或不夠肥潤，皆是產業發展的硬傷。
面對這些挑戰，業界與學者正積極尋求應對之道，不論是改變養殖模式，抑或養殖「三倍體」等，各種可能性亟需官方資源投入研究。
牡蠣最怕颱風掃，蚵棚疊疊樂、錨錠海底撈
七月的凱米颱風，讓牡蠣產業受損達 3.2 億元。記者在颱風後前進災區，歪斜的蚵架上只剩下寥寥無幾的蚵串；倖存的牡蠣也因風浪雨水刺激，自然地排出精、卵進行繁殖，原本肥美的蚵腹立即消風，蚵農的心血全都打水漂。
記者隨漁民出海，發現固定蚵棚的蚵索被颱風扯斷，蚵棚四處漂流、彼此碰撞，不少蚵棚「爬上」其他蚵棚，宛如蚵棚疊疊樂；有些蚵棚甚至被吹上陸地，不論沙灘、堤防甚至漁港都有許多「陸上行舟」的蚵棚，一個蚵棚造價上萬元，出走的蚵棚讓蚵農心中淌血。
一個蚵棚原本靠三個錨錠固定在海底，蚵索被扯斷後，無主的錨錠也讓蚵農們開始「海底撈」，因為一個錨錠要價七、八千元，是蚵農重要的資產，只是錨錠動輒七、八十公斤，蚵農和移工們合力拉著錨錠，猶如在跟大海拔河一樣。
風災過後，蚵農得面對沉重的修復費用和收成損失，牡蠣怕颱風，正是台灣蚵農長期以來無法逃避的宿命，也讓本已艱辛的養殖工作更加難上加難。
澎湖牡蠣養愈多，扁蟲就愈多
澎湖的蚵農也面臨海洋環境日益惡化的挑戰，過往箱網養殖會有許多富養分的「副產品」，如今箱網養殖數量減少，海洋中的有機質供應也隨之減少。然而，養殖密度卻沒有隨之調整，導致同樣面積下的養分不足。與此同時，澎湖牡蠣還遭遇蟲害危機。
澎湖海域扁蟲危害嚴重，牠們會分泌一種化學物質，讓牡蠣開閉殼頻率增加、方便牠們鑽入牡蠣殼內吞食蚵肉，還會利用空殼繼續產蛋。唯有洗「淡水澡」跟曬「日光浴」，才能讓牠們斃命。
只是澎湖與台灣本島一樣，有嚴重的缺工問題，蚵條從海中拉起、沖水、日曬、再掛回大海，無一不是需要勞力的工作，且每個月都需要進行。
缺工讓蚵農不得不「粗放」，但這反而造成扁蟲肆虐更加嚴重，蚵農吳耀朋表示，今年已經損失三、四成，「我還不是最慘的，聽說有五、六成蚵苗暴斃的」。
澎湖縣政府農漁局漁業輔導科長陳銓汶指出，扁蟲大爆發原因不明，有人說是氣候太熱、符合扁蟲的喜好；有人說是沒有下雨，導致海水鹽度產生變化；也有人將問題推給蚵苗，說是台西的環境出了狀況，但並無實據。
陳銓汶指出，這也顯示政府對牡蠣的基礎研究不足，漁業署並不看重牡蠣產業，才會無所作為。
台南：類馬爾太蟲「憑空出世」，蚵農認賠出場
台南地區牡蠣養殖也面臨嚴重的病毒危機，類馬爾太蟲（Marteilioides chungmuensis）侵入牡蠣體內，導致生長停滯和大量死亡，即便牡蠣存活，也會因為蚵肉「蜂巢化」（指蚵肉圓滾滾的肚子──生殖腺出現腫瘤團塊樣）賣相變差，失去市場價值。
病毒肆虐，蚵農以「近年台南牡蠣產業面臨的最大挑戰」來形容。南泊區牡蠣產銷班班長黃俊郎是蚵四代，從曾祖父養殖牡蠣至今，從不曾看過這種現象，「有人損失 2/3，還有人已經跑路」，損失難以計算。
蚵農邱詩涵則指出，去年牡蠣的死亡率真的很高，有人說養太密才會感染類馬爾太蟲，但有些養得少的也會暴斃，漁民只能賭誰運氣好。她家從 120 棚減養至 80 棚，但只要一出船，光是五個人力的工資就要上萬元，負擔仍舊很重。
面對颱風解方之一：採用新式蚵棚
成大水工所海岸環境資源組副研究員張引認為，任何材質都難以完全抵擋風浪的侵襲，應該就蚵棚本身來改良。他接受台南市政府委託，研發新式蚵棚，藉由浮力調整蚵棚的高低，只要將浮筒灌滿海水或清空，浮棚就能潛入海底或浮升出海面。
蚵棚升出海面時，方便蚵農進行蚵串吊掛、清洗、汰弱及收成，蚵農可站立工作，較不易有職業傷害。同時，蚵棚升出海面還可以讓牡蠣定期曬太陽，減少蚵螺、病毒的危害。
而當惡劣海況將至，如颱風或季風強勁吹拂時，蚵棚也能下潛至海底，避開湧浪以保存蚵棚及牡蠣，既能減少蚵農的經濟損失，又不會造成環境污染，可以說是一舉兩得的重大發明。
張引曾找廠商粗估，一個新式蚵棚的售價約 30 萬元，不過只要躲過幾次颱風的損失、投資就划算。而且新式蚵棚使用年限至少 10 年，過去每年都要重新張羅蚵棚的麻煩事不會再重演，蚵農能夠省下不少費用。
張引並認為，不怕颱風的新蚵棚或許可以突破台南市禁養期的限制，讓蚵農一年四季都能夠養牡蠣，而雲林蚵苗農也可以藉由較簡易的新式蚵棚到外海去採集蚵苗。
可惜這個發明卻在委託案結束後留在「結案報告書」裡束之高閣，台南市政府沒有進一步的計畫，連張引興建的模擬蚵棚都堆在倉庫中蒙塵，無緣造福蚵農。
面對颱風解方之二：改用延繩養殖
徐承堉認為，水至柔也至剛，在海洋養殖時，對抗風浪是最不智的作為，能夠成功養殖通常都是「避風頭」。
早年台灣養殖技術都來自日本，日本也以海洋養殖為主，其中牡蠣養殖的技術也傳來台灣。由於鮮有颱風、又有內灣可以避風浪，日本因而發展出獨特的浮筏牡蠣養殖，高密度又省成本。
但是浮筏來到台灣後，禁不起颱風及東北季風肆虐，因此只能在有限的季節及地區採用。
近年來極端氣候及台灣國土流失問題，對牡蠣的養殖帶來越來越大的威脅及損害。
徐承堉表示，放眼全球的海洋養殖，對抗風浪的選擇多採用延繩。延繩是線，浮筏是面，受風面積差異極大；且線可以順風浪，面必須頂風浪，兩者的安全性完全無法相提並論。
蟲害解方之一：引進「三倍體」苗
水試所所長張錦宜表示，去年在台南大爆發的類馬爾太蟲專門寄生在牡蠣的卵巢，除了在牡蠣成熟前採收外，目前沒有防治的方法。
水試所副研究員黃淑敏曾於 2023 年進行台南地區牡蠣感染類馬爾太蟲的研究，發現盛行率達 23.3%，比韓國的紀錄 15.2% 更高。其中死亡率最高的區域為台南南區及安平區，但同期在雲林及嘉義的牡蠣，盛行率則為 0%。
黃淑敏研判，類馬爾太蟲只會感染卵母細胞成熟的牡蠣，台南地區因為中蚵與新蚵養殖重疊，中蚵很可能已經帶原，新苗入海後便受到感染，等到隔年 4、5 月性成熟時，類馬爾太蟲發作，牡蠣便容易死亡。
她建議蚵農不要同一個蚵棚又掛中蚵、又掛新苗，最好等中蚵全部收成後，先有一小段空窗期，再放入新蚵為宜。
然而黃淑敏強調，「中蚵影響新蚵」也只是一種推測，她原本與蚵農約好今年要測試，沒想到康芮颱風把台南中蚵都掃光，只能待明年繼續驗證。黃淑敏也提到，今年在嘉義地區的監測也發現，類馬爾太蟲的盛行率明顯拉高，可能是今年雨水過多，刺激牡蠣排卵之故。
這個世界共通的疾病，讓各國改養沒有生殖腺的三倍體牡蠣。不過三倍體蚵苗需要利用人工苗來製造，但台灣技術尚未到位，別說三倍體，連一般人工苗的成本都還居高不下。
蟲害解方之二：減少牡蠣放養密度
水產試驗所澎湖漁業生物研究中心主任謝恆毅表示，野外的物種一般不會過度群聚，漁民的集約養殖違反生態條件，幫扁蟲打造「便捷」的進食環境。
就像農地有連作障礙時，就是要換一塊農地或是換一種作物，牡蠣養殖環境有限，無法隨意更換，最好的方式就是停養幾年。
然而陳銓汶指出，澎湖牡蠣產業每年有五、六億元的產值，讓漁民停養「根本行不通」。
學者：浮棚吊養應低於每平方公尺七條
南市區漁會總幹事林鈺昕認為，養殖密度過高，導致病害加劇，澎湖的扁蟲和台南的類馬爾太蟲就是最好的例子，儘管蚵農想藉由多養彌補損失，但只會造成惡性循環，也讓牡蠣養分不足，反而得不償失。
嘉義大學水生生物科學系副教授陳淑美接受水試所委託，連續三年調查雲嘉南養殖環境與牡蠣生長狀況。她發現死亡率與養殖密度有關，浮棚式養殖每平方公尺面積內吊養最好不要超過七條蚵串，才不會因為營養不足等因素造成牡蠣死亡。
不過陳淑美補充，密度高低也與環境條件有關，像雲林金湖的養殖密度苗期階段較高，到中蚵後進行二次吊掛時，再調整吊掛密度至每平方公尺面積低於七條蚵串，因此存活率也不會太低。
至於嘉義的養殖密度都在八、九條，尤其是靠近沙洲或沿岸、海水深度不足，海流經過帶來的養分不足。雖然說密度與死亡率非因果關係，但目前的研究看來兩者確實有相關。
另外，陳淑美也建議，目前牡蠣養愈大、死亡率愈高，建議蚵農在牡蠣 45 公克左右時就可採收，以免血本無歸。
