農地是農業的根本，養殖漁業的根本則是水域環境。牡蠣需要在大海裡生長，然而台灣蚵農從北到南卻都面臨不同的環境壓力。
彰化的潮間帶和台南七股潟湖淤積，導致養殖空間減少；六輕工業區改變雲林沿海水文，養殖條件惡化；嘉義也受到外傘頂洲面積變小及高度降低的衝擊。
湧升海洋創辦人徐承堉指出，全球的養殖產業都在往外海移動，中、越牡蠣養殖也轉往外海，台灣海域富含營養鹽，也應該順應這樣的趨勢。他建議將風場等海域轉為養殖專區，不但可增加牡蠣養殖面積，且有棲地復育的效益。
泥灘地面積縮減雖趨緩，牡蠣養殖面積大幅減少
在大自然的運行中，河流入海沖刷下來的泥沙被潮汐和洋流不斷搬運，逐步堆積到沿海的潮間帶區域，形成了適合海洋生物生活的潮間帶，台灣西海岸的潮間帶正是彰、雲、嘉蚵農重要的養殖區域。
然而根據農業部生物多樣性研究所副研究員陳宛均的研究，自 1960 年代起，西部河川上游建立各種水庫、攔沙壩、攔河堰等設施，雖然有效攔截泥沙，卻使得下游得不到補充，導致泥灘地的面積逐漸減少。
1970 年代進行大量的填海造陸，沿海泥灘地被劃為養殖漁業專區或農地；再加上 1980 年以後，台中港、彰濱工業區、六輕工業區等建設，更進一步侵蝕了沿海泥灘地。這些開發行為直接導致泥灘地的面積迅速減少，至今已有約六成的泥灘地不復存在。
泥灘地的縮減則影響牡蠣的養殖面積，不過縮減現象在最近十年間有趨緩之勢，主因是西海岸的開發逐漸飽和，最具代表性的開發案——國光石化計畫也因環保因素被擋下。然而沿海沙洲的消逝仍舊是「現在進行式」，讓牡蠣養殖前景不容樂觀。
彰化：潮間帶淤積，蚵農收成少一半
芳苑蚵農洪秋岳指出，他自退伍後承接父業，在潮間帶以平掛式養殖牡蠣，原本一坪（四行牡蠣）可以賺八、九萬元，現在收入不及原來的五成，因為蚵肉不夠肥美，以前一條蚵條可以挖出一斤蚵肉，現在三、四條可能還挖不到一斤。
洪秋岳指出，潮間帶淤積嚴重，牡蠣愈掛愈高，浸在水中濾食的時間則是愈來愈短，往往養了三年還不及過去養半年的尺寸。
他也表示，牡蠣是連地震都會受到影響的敏感生物，芳苑沿海設立風機後，不斷擾動海水，牡蠣就再也養不大。
彰化牡蠣盤商黃瑞騰指出，風機對牡蠣成長有沒有影響是科學問題，他不敢置喙，但他長年觀察潮間帶地勢發現，以前蚵農吊掛蚵條的高度一致，現在為了符應地形而吊得高高低低，顯見某些地方真的有淤積，牡蠣成長緩慢、產量自然大跌。
他也提到二林市場內的古井邊空地原是盤商洗蚵肉供應鄰近小吃、餐廳的批發所在，極盛期曾有七戶，如今只剩下他一家。「再這樣淤積下去，牡蠣根本沒辦法養」，黃瑞騰說現在賣蚵肉純粹是「服務老客戶」，早就不認為產業有什麼轉機。
雲林：人工設施影響牡蠣養殖環境
雲林牡蠣養殖協會理事長丁健家表示，濁水溪原本攜帶大量泥沙與營養鹽流入海洋，除了讓雲林沿海成為良好的牡蠣生長環境，也是外傘頂洲重要的沙源。
外傘頂洲是雲嘉沿海重要的屏障，能夠提供相對平穩的水域，讓牡蠣不會因為劇烈的波浪或水流變動而受到影響。如今攔河堰阻斷了營養源的供應，也讓外傘頂洲面臨逐漸消失的命運。
蚵農林進郎補充，位於濁水溪出海口的六輕工業區因為「突堤效應」改變了水流動態，干擾自然的沙源沉積，加劇了外傘頂洲消失的危機，也影響海岸線的穩定。長期下來，泥沙被沖刷、堆積在沿海的淺水區，造成養殖環境淤積嚴重。
林進郎提到，箔子寮漁港原本可以通行大船，現在連竹筏都得等漲潮時才能出入；五條港是附著天然蚵苗的區域，淺水區卻不斷淤積，他預言：「三、五年後可能就無法附苗了。」
嘉義：沙洲往內移、潮間帶淤積，養殖面積變小
嘉義的養殖環境同樣面臨淤積與侵蝕的雙重問題。白水湖蚵農蕭明富反映，淤積問題使得海水變淺，養殖區不再適合牡蠣生長。以前的白水湖漁港直通大海，現在得要繞道東石才能出海。
他還表示，壽島曾經有滿滿的平掛式蚵架，如今「蚵去架空」，一片荒涼。
東石區漁會推廣科幹事陳宏聰本身也是蚵農，他提到西海岸九成的港口及沿海地區都有淤積的現象，即使無法全部疏通，政府也得「重點式」清淤，將平掛式的養殖區還給蚵農。只是清淤工作很難有「眼睛可見」的實績，難怪政府都不願意執行。
另一位蚵農許清山更指出，外傘頂洲不只沙洲面積變小、高度變矮，而且還不斷往陸地移動，山陀兒颱風後，沙洲甚至來撞他的蚵棚，讓他損失慘重。
「養殖面積愈來愈小，又沒有屏障可以擋風浪，真不知道這一行還可以作多久？」他說出心底的無奈。
七股潟湖的消逝：環境變遷讓蚵農叫苦連天
「叩叩，叩叩」，蚵農黃博恩把簍中的每顆牡蠣互相敲擊，然後分別丟在兩個簍中，其中一簍明顯多過另一簍。他說從聲音就能辨別牡蠣是否還活著，記者採訪當天的死牡蠣是活牡蠣的兩倍多，他苦笑道：「這還不是最慘的一天。」
蚵農黃翊誠也指出，「死掉的比有肉的還多，蚵殼很大，但都是空的」，這表示牡蠣是養了很久才死的，環境惡化已經讓養殖失去了平衡。
除了養不活，牡蠣也長不大，黃博恩表示，七股的養殖區逐漸淤積，原本肥沃的潟湖面積越來越小，甚至未來幾十年內可能完全消失。
同時，以前七股魚塭養殖許多石斑魚，排出的營養鹽足夠支撐高密度的牡蠣養殖。但隨著中國養殖技術提升、不再進口台灣石斑魚，養殖石斑的利潤減少，漁民紛紛改養文蛤。
不過文蛤與牡蠣同樣爭奪食物資源，導致養殖區內營養鹽不足。「以前三、五個月就能出貨的牡蠣，現在養上兩、三年還長不大。」
沙洲消失屬天然現象，六輕加速消失速度
成功大學水工試驗所副所長許榮庭指出，濁水溪河口自古便是台灣西部河川水系的重要地形，北港溪與新虎尾溪、舊虎尾溪曾共構一個龐大的流域，洪水氾濫後將海岸線往外推展，並在形成廣闊的沙洲地形，最具代表性的兩個沙洲是外傘頂洲與海豐島。
沙洲有天然的屏障作用，阻擋了海浪直接侵襲海岸，使得濁水溪到北港溪出海口的海域成為理想的牡蠣養殖區域。
沙洲也需要上游河川補充的沙源，過去沖積到河口的沙子會往南移，六輕設立後，阻擋了原本自然往南流動的河沙。沙洲的高度與穩定性是養殖業成敗的關鍵，沙洲如果夠高就可以擋住海浪，維持內海較穩定的水面與養殖環境；較低的沙洲一旦被浪花拍擊，侵蝕速度便會急遽加快。
不過許榮庭強調，沙洲的移動受自然環境的影響，命運似乎難以避免。六輕的建設固然減少沙源的補充，但東北季風仍是主要驅動力。海豐島就是一個典型案例：這片數十公頃的沙洲在台西外海僅存在約 60 年即消失無蹤。
解決方案之一：填砂補回沙洲高度？
要阻止沙洲消失，光靠植樹成效不大，而且一個颱風可能就全毀，許榮庭表示，杜蘇芮颱風把林務局種在外傘頂洲的兩公頃樹林一次掃光。
「比較有效的方式是填沙回補沙洲高度」，不過每立方公尺的填砂成本約需 400 元，而外傘頂洲需要幾千萬立方公尺的沙，數十億元的經費，恐怕沒有任何政府單位願意承擔。
成大水工所海岸環境資源組副研究員張引則補充，離岸沙洲會先跟海岸拉齊，然後逐漸向岸邊靠近，這是全球沙洲運動的共通性。
他並預測，這一自然現象可能會在幾百年內徹底改變外傘頂洲的地貌，如果不採取任何行動，甚至在我們有生之年就會看到沙洲完全消失。
解決方案之二：可以養在陸地魚塭嗎？
既然海洋環境愈來愈不友善，可以將牡蠣養在陸地上的魚塭中嗎？
旭海安溯水產開魚塭養殖牡蠣的先例，神農獎得主黃國良指出，牡蠣有濾食的功能，養殖在魚塭猶如加裝淨化器，而且牡蠣可以食用他養魚養蝦池中的剩餘飼料，不需要多餘的費用。
水試所退休研究員戴仁祥指出，魚塭養殖牡蠣的優點是不必出海，若同時養魚蝦，就可以多一份收入。只是僅適合生產大粒、價格高端的單體牡蠣，市場需求有限，養殖規模不可能做大。
戴仁祥也表示，若遇豪大雨，魚塭鹽度改變就會危及牡蠣；溫度太高也不利牡蠣生存，最好的養殖時機是秋冬到過年乾爽低溫的時候，但魚塭養殖成長速度較慢，不超過一年很難收成，但逾一年就會遇到高溫、豪雨。
過去他曾輔導少數蚵農在魚塭養殖牡蠣，但沒有人堅持下來，更別提擴大養殖面積。
解決方案之三：讓風場成為牡蠣養殖專區？
沿岸淤積、魚塭養殖不易，牡蠣未來該何去何從？答案或許就寫在大海裡。
徐承堉指出，全球的養殖產業都在往外海移動，越南、中國的牡蠣養殖多依靠外海資源，台灣養殖環境優越，海域富含營養鹽，也應該順應這樣的趨勢。
只是可用海域有限，傳統區域如外傘頂洲內海正在消失，養殖空間被其他產業擠壓。台灣若要在國際競爭中突圍，徐承堉提出創新規劃：將風場等海域轉為養殖專區。
徐承堉表示，離案風場的業主支付鉅額賠償，讓漁船不要進入海域作業，廣大海域只剩下發電的功能。何不將延繩牡蠣固定在該處，既可以專區管理，牡蠣養殖設施又有棲地復育的效應，增加風場的利用價值。
國立嘉義大學水生生物科學系副教授陳哲俊則認為，風場養殖牡蠣「理論上行得通」，政府本來就希望風機基椿能形成人工魚礁，養殖牡蠣可形成牡蠣礁，確實有自然棲地的效果。
不過陳哲俊認為，風機怕撞擊，船隻出入動線也需要規劃，「用下沈式箱網養殖牡蠣或許更可行」。
