柴山多杯孔珊瑚是一級保育物種，桃園大潭為全球最大棲地，但中油三接工程也在此興建，為此引起全國公投激辯。公投落幕後，三接工程動工，但環團監測指出，工程導致環境巨變擾動，柴山多杯孔珊瑚大幅死亡，為全球生態重要損失。環團要求與中油共同現勘，經濟部應要求中油提出詳盡報告書，若有必要應停工。
一級保育物種面臨生存危機，民團擔心生態逐漸消失
搶救大潭藻礁行動聯盟召集人潘忠政指出，在進行長期監測後發現，大潭藻礁海域出現多個點位有珊瑚被泥埋、死亡甚至「看不到屍骨」，因為被砂磨掉了。
藻礁生態熱點位在工程 G1、G2 區，潘忠政指出，海保署調查顯示去（2025）年上半年柴山多杯孔珊瑚的數量約在 66 至 118 株之間變動，但在去年第三季，未發現 G1 區有柴山多杯孔珊瑚，出現 0 株的紀錄，第四季也只發現 17 株；後來中油表示找到了 48 株，但潘忠政認為，找到 48 株，不代表它的狀態很好、可接受。
根據潘忠政及志工團隊統計，在 G1 區 113 個點位，柴山多杯孔珊瑚的存活狀態尚可的約有 15 株，狀況不佳的有 28 株，存活率約 41.4%，然而，死亡或疑似死亡的最多，有 38株（36.5%），屍骨難覓的則有23 株（22%）。G2 區則是泥埋嚴重，在 141 株裡有 61 株珊瑚因泥埋嚴重，狀態不佳（50%），其次則是屍骨難覓，有 37 株（30%），「就算是存活，狀態也和之前差很多。」
造礁的殼狀珊瑚藻覆蓋率降低，生態逐漸消失
除了柴山多杯孔珊瑚，造礁的殼狀珊瑚藻，覆蓋率也逐漸降低。潘忠政表示，藻礁之所以會成為一個生態系，是因為會造礁的殼狀珊瑚藻；過去上面會有整片紫紅色的就是殼狀珊瑚藻，如果遭受環境破壞，覆蓋率就會降低，就會被其他大型藻類取代，「這裡的生態逐漸消失。」
他指出，G1 區殼狀珊瑚藻的覆蓋率在 2018 年 3 月曾來到 84.3%，近年不斷探底，到了 2023 年最高值只剩下 29%，有些月份甚至掉到不到10%。
三接建港導致大量淤沙，岸邊藻礁屍塊多
潘忠政認為，柴山多杯孔珊瑚和殼狀珊瑚藻的減少，是因為三接建港，改變海流，漂砂進入大潭海岸，砂進得多、出去得少，因此沉降為大量淤沙，造成沙洲逐漸擴大，生態也因此嚴重受影響。
此外，潘忠政甚至發現，岸邊有許多藻礁屍塊，「自然現象會把這麼大塊的礁體打上來嗎？」他說，有些鑽探的船，會經過挖掘，自然就會有屍塊；但在三接工程開始後，這些屍塊大量出現，懷疑是三接沉箱暫存區置放沉箱後，擾動海底軟泥所致。
就連在當地有多年捕魚經驗的永安漁港討海人協會理事長楊門圈，也因為新形成的沙洲而擱淺；他表示，自從工程開始，漁民漁獲量大量減少，不知道怎麼活下去。
中油：珊瑚淤泥與沉箱無關
針對環團批評珊瑚數量減少的情況，中油環境保護及生態保育處副處長黃志堅表示，大潭海域長期有漂沙現象，2025 年第三季也適逢天文大潮（當年最高潮位）、颱風影響，皆增加觀測難度，所以才有 0 株的數字；第四季則顯示活株數有 48 株，和近三年的調查（42至48群株之間）相當，因此和過去沒有差異。
針對沉箱施放導致海底淤泥覆蓋珊瑚的情形，黃志堅表示，中油曾將 G1、G2 潮間帶的淤泥，和鄰近海域取樣送驗，可以確定 G1、G2 的淤泥和三接沉箱回填材料有明顯區別，因此其淤泥並非沉箱導致。
另外，過去幾年，也曾發生過工業污泥、重金屬、營建廢土的深夜偷排事件，也都可能影響到珊瑚的狀態。「三接的環境是開放式水域，南來北往都可能沉落在這裡的潮間帶」，否認沉箱對珊瑚的影響。
海大研究團隊：造礁珊瑚藻下降是因海溫升高所致
中油委託的國立海洋大學環境監測團隊、副校長冉繁華則指出，柴山多杯孔珊瑚受季節性沙埋影響明顯，砂被沖走之後，珊瑚確實會受到損傷，但這些損傷都會恢復，還是有存活機會。
此外，海大的研究資料指出，造礁的殼狀珊瑚藻下降、非造礁大型藻類逐年上升的趨勢，確實和海水溫度上升、濁度增加等環境因子高度相關；也就是說，藻礁生態結構的改變，是整體環境導致，是否跟工程有關，需要更長時間的調查資料才能釐清。
環團：若無法控制對藻礁的破壞，應停止開發
針對中油與海大團隊將生態衰退歸咎於大環境因素，潘忠政批評「推卸責任」，他認為，負責任的生態檢測團隊理應具體提出「工程對生態的實際影響」，而非避重就輕，引用全球暖化等與工程無直接相關的宏觀因素來開脫。
對於中油聲稱第四季已重新發現 48 株存活珊瑚，潘忠政表達高度懷疑，並表示自己曾聯繫海大團隊索取相關佐證資料，但截至目前未取得回應，只有待雙方共同去現場會堪，才能釐清真相。
藻礁行政訴訟義務律師張譽尹表示，根據《環評法》第 18 條有追蹤考核機制，民團調查三接開發對藻礁影響已經很明確，經濟部應命中油提出環境影響報告，其次，環境部應命中油提出因應對策；如果不能控制開發對藻礁的破壞，經濟部或環境部應依據《環評法》第 23 條第 2 項規定，命中油停止開發。
雙方共同進行場勘釐清真相
面對各方數據與解讀存在巨大落差，主持記者會的民眾黨立委陳昭姿在會議結論中要求，中油必須在兩週內針對「藻礁淤泥與工程無直接關聯」的說法，提出具體的書面科學報告與證據。
另外，為釐清大潭藻礁目前狀態，雙方預計於 2 月 4 日大退潮期間聯合進行場勘，尋求共識，到時即見真章。
