（續前文）佔地千頃的沙崙農場，兼具都市綠地與一級保育動物棲地，卻遭國科會核定為「沙崙生態科學城」。台南鳥會等多個保育團體聯合表示，並非一味反對發展，但開發總面積高達 531 公頃，衝擊過大，呼籲國科會應說明選址依據，且需納入公民監督，守護台南驕傲的自然資產。
學者：草鴞族群需大面積草地
蔡若詩是嘉義大學生物資源學系助理教授，也是國內草鴞棲息範圍的主要研究學者，他說明草鴞屬猛禽類，活動範圍可達數十公里，必須有足夠面積的草地才具備棲地條件。
沙崙農場擁有數百公頃寬闊農業生產區，南面二仁溪高灘地提供隱蔽築巢地，對草鴞而言，如同家門口就有豐富食物來源，讓族群可繁衍壯大。
生態調查者：牧草為草鴞棲地關鍵因素，市府誤解報告
2021 年，因台南沙崙農場跟高雄橋頭科學園陸續發生開發案衝擊草鴞生態事件，為理解草鴞在沙崙農場分布狀況，林保署委託台南市野生動物保育協會（以下簡稱「協會」）進行緊急調查，於同年發布《台南市沙崙地區草鴞出現分布現況調查》，成為首件有關沙崙農場的調查報告。
在這次沙崙開發爭議中，這本第一手草鴞調查報告也成為衝突焦點。台南市府引用該報告稱，只有沙崙農場南側二仁溪高灘地才是草鴞棲地，「沙崙農場本身並無築巢行為」，然而執行調查的協會總幹事曾翌碩表示，市府觀點是大大誤解，覓食獵場也是棲地的必要條件。
曾翌碩：需盡快建立完整資料，作為決策依據
曾翌碩指出，二仁溪與沙崙農場連綿上千公頃綠帶，才能提供草鴞族群繁衍壯大「無可爭議」，其中牧草種植甚為關鍵，牧草定期收割，形成大面積草地，讓慣於草地捕獵的草鴞有食物來源，一旦台糖決定放棄牧草，就會減損草鴞棲地功能。
他舉例，台南市府提出在沙崙北側農場開發健康園區後，台糖已不再種植牧草，改租給農民種西瓜，草鴞活動隨即明顯減少。曾翌碩認為，當務之急是盡快建立完整資料，有科學數據基礎，才能做為決策依據。
台南鳥會：國有土地具公益性，不該淪為開發的土地提款機
台南鳥會總幹事曾祥霖表示， 1990 年代劃設高鐵特定區是為了創造新市鎮，然而 20 多年來，新市鎮並沒有順利發展，但已經有許多開發商跟財團陸續收購週邊土地，政府只好不斷引進高科技產業，甚至提出一個又一個產業園區計畫，形同為這些投機行為鋪路。
他舉例，台南市政府在北沙崙還推動 84 公頃的「沙崙健康園區」，年初經過環評要求補充資料，當時由 13 個保育團體聯名要求台南市府撤案，沒想到中央國科會冷不防又在南方提出南科四期，一口氣畫出南沙崙 531 公頃土地，令保育團體措手不及。
曾祥霖表示， 10 年前民間早已建言政府應正視沙崙生態重要性，但觀測資料與經營方針始終空白。根本原因在於，政府始終只看到土地開發利益，刻意忽略沙崙農場經過演替，已提供許多草原及淺山生物棲息利用，具備保育功能的事實。
曾祥霖質疑，本案卻市長初選前曝光，他怒批指出環評還沒通過，政治人物就急著把利多消息丟出來，就是要讓投資者預做投資準備，「把周邊土地再炒一遍」。
民間本建言草鴞與開發共存，結果生態僅成點綴裝飾
他也透露，南科管理局（下稱「南科」）曾數度私下拜訪、徵詢保育團體意見，民間建言應保留足夠範圍給草鴞。沒想到曝光草案竟僅在二仁溪旁劃設一些草地保留，保育界團體驚覺，南科所謂「生態科學園區」僅是將生態做為點綴裝飾，導致雙方互信破局。
曾祥霖認為，明明還有許多工業用地閒置，政府卻為了短期利益，犧牲長遠的環境生態。
保育團體：沙崙非零和遊戲，盼國科會展現超然專業立場
面對國科會開發案，台南鳥會與聲援的中華鳥會、高雄鳥會發布聯合聲明，強調沙崙是西南平原僅存的一塊草生生態環境，除草鴞外還有 35 種保育類動物，國科會應展現超然科學態度，「重啟一個以科學證據為基礎、資訊透明、且能納入公民監督的嚴謹評估。」
該聲明也批評，南科在橋頭科學園區為草鴞生態所做的環評承諾，經歷四年亦未見成效，顯示即便對象是珍稀保育物種，政府承諾依舊充滿不確定性。負責任的開發計畫應謹守「迴避、縮小、減輕、補償」的原則，面對重要棲地迴避是最優先原則。
聲明強調，全球企業與投資機構日益重視「永續發展指標（SDGs）」、「生物多樣性公約」及「自然相關財務揭露（TNFD）」，在高度生態爭議地區開發，未來進駐企業將遭受供應鏈及融資審查壓力與品牌形象損失。
徐世榮：公共利益不該任由政府解釋，應當公眾參與程序
保育界認為，國營事業土地是廣義的公共資產，沙崙農場從新市鎮預定地轉變為重要保育價值區位，理應迴避或最小化衝擊，政府反倒一再提出開發計畫，卻無視法律賦予保育職責。
徐世榮指出，就法而言台糖是公司，台糖農地法令上仍為私有地，依土地徵收條例第 10 條第 2 項，「需用土地人於事業計畫報請目的事業主管機關許可前，應舉行公聽會，聽取土地所有權人及利害關係人之意見。」但用地機關南科並未啟動公聽會程序，卻由上級機關國科會逕自核定開發，疑似不符法律程序。
徐世榮表示，各類法律彼此之間一定會有衝突，國土計畫應該是平台，過去都市計畫以前是以專家主導，然而現在追求的是公眾參與。他認為必須藉由公眾參與程序，才能確認開發沙崙農場的必要性與正當性。
南科：公眾參與程序待環評後進行
針對徐世榮說法，南科回應，「沙崙生態科學園區目前選定範圍包含國有、市有及台糖土地，未涉及私有土地，爰無須辦理土地徵收。」並表示，本案已經在 2025 年 1 月 15 日至 2 月 14 日，辦理資訊公開程序，調查民眾同意比例佔 93% 以上。
至於公眾參與程序，南科回應，目前本案經國科會審議通過，後續尚需進行環評及開發計畫審議。由於本案屬二階環評規格，依環評法施行細則作業流程推估，辦理公聽會議時間預估落在 2027 年第一季舉行。
徐世榮批評，主管機關在事先擬訂開發計畫時，就應遵循資訊公開與民眾參與程序，現在這種作法有如「黑箱作業」。
林保署：開發有重大影響，棲地補償措施應不少於減損的棲地功能
農業部林業保育署是主管保育法規機關，怎麼看待沙崙開發科學園區的決策？林保署表示，草鴞為「國內亟需加強保育之重點物種」，目前已制定《草鴞保育行動計畫》，推動生態給付以維護棲地及減少破碎化，並與民間組織合組草鴞保育聯盟研擬棲地營造與保育對策。
針對沙崙開發南科四期案，林保署在歷次跨部會協調中已強調「沙崙農場為少有完整大面積草生、農耕與森林鑲嵌的自然棲地」，開發區域 530 公頃將減少草鴞覓食棲地，對生態有「巨大影響」。
針對本案，林保署建議「補償措施應不少於減損的棲地功能」，並提出科學證據說明其效果。林保署也建議，南科可專案委託整體規劃棲地補償措施，並提出完整論述。林保署雖不贊同開發，但認為可以「棲地補償」彌補損失，對資深的保育工作者而言，「棲地補償」無異於另一種為開發所做的解套。
保育工作者：科學園區與保育意識推動 30 年，仍在原地踏步
高雄鳥會總幹事林昆海表示，南科開發與草鴞的衝突在橋頭科學園區已經上演過一次，南科所做的棲地補償尚未顯現具體成效，雖有草鴞出現紀錄，比起開發前的棲地環境仍有不足！
作為保育工作的老將，林昆海感慨，30 年來，台灣經濟開發模式似乎還在原地踏步，「為了經濟發展可以不惜代價，先輾壓過去再說，持續犧牲生態環境還是一再上演。」他舉例，25 年前南科開發佔用環頸雉、燕鴴棲地，至今還是在跟生態搶奪土地。
林昆海認為，國家不能總是「先做了再說」，被開發大旗拖著走，走一步算一步。沙崙農場不只是國家所剩不多的戰略儲備農地，開發之後還會引發一連串效應，例如能源供應與水資源供應，必然增加自然資源的開發壓力。他認為，國科會應該站在整體國家發展角度，停下來沉澱重新思考。
研究草鴞學者：沙崙農場爭議需審視國土永續問題
蔡若詩表示，開發與保育兩方並無標準答案，問題不在二選一，沙崙農場爭議更傾向於是國土規劃與空間發展的問題，若要釐清爭端，應重新審視國土永續問題，究竟把沙崙預設發展儲備用地還是保育用地，才能從整體考量創造平衡。
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