光復災後 35 天百廢待舉，尤其災區有多達 600 公頃農地，被600 萬公噸淤泥覆蓋，估計有近千位農民失去田園，從短期生計到未來發展都是極大挑戰，專家直言「有生之年恐怕都無法種稻」。
花蓮農業改良場（以下簡稱「花改場」）表示，無論是重劃、徵收或原地復耕，任一選擇都漫長且困難，在等待政府決策之時，農民可參與改良復耕試驗計畫。農糧署也建議農民依自身經驗嘗試種植牧草、大豆等作物，並特別框列預算給付，一起尋找農地的解方。
花改場：土壤無重金屬污染，但偏鹼且貧瘠
本次受災農民樣態多元，有人種植 2、3 分的短期蔬菜，有人種植3、5 公頃的水稻；有人農田被淤泥掩埋三公尺，有人田裡僅有 20 公分淤土，復原的作法、難度大不相同。中央農政單位與花改場展開座談，蒐集農民意見。
面對生計困境，花改場邀請台大農化系特聘教授陳尊賢、農試所農化組退休研究員郭鴻裕、宜蘭大學森林暨自然資源學系教授蔡呈奇等專家，協助釐清農民最關心三件事：「這到底是不是土？」「有沒有重金屬？」「還能不能種？」
花改場土壤肥料研究室主持人倪禮豐指出，透過垂直挖掘並用手觸摸，且利用探地雷達的探測，確認「沖下來的是土」，且與光復原土壤質地相近。淤土表層為 2 至 8 公分厚的坋土層，下方為均勻沙壤土，大平村等災區的淤積深度從 80 公分至 3、5 公尺不等。
專家團隊檢測 30 個斷面的八大重金屬，結果均未超標；鋅、銅、鎘的濃度更低於環境部標準值十倍至百倍。然而，倪禮豐指出，淤土雖無污染，但有兩項問題：酸鹼值 8.3 至 8.5、偏鹼性；有機質含量低於 0.1%，顯示土壤極為貧瘠。
淤積程度不同，可復耕條件不一樣
針對「這樣還能種嗎？」倪禮豐表示，目前淤積土壤普遍缺乏養分、導水性差，必須經過改良才能恢復生產力，首要工作是施用大量有機質肥料。如果田區界線仍清楚、地面雜物已清除，技術上就能直接復耕。
倪禮豐也根據淤積深度，提供了不同的整地建議：若淤積僅約 10 公分，可將淤土與底土混合，利用原有土壤中的微生物恢復活性；若介於 10 到 20 公分，則應先以圓盤犁混拌，再用迴轉犁整平，便能進行一般農作。
但若淤積超過 20 公分，則須「重新養地」──先清除雜物，施用大量堆肥，並用迴轉犁將表層坋土與沙土混合，使土壤恢復正常結構，再搭配綠肥作物種植，才能讓土地重新具備耕作條件。
農業部啟動多項復耕與紓困措施
農糧署東區分署與農金署分別說明補助與紓困方案，針對壽豐、鳳林、萬榮與光復四鄉鎮因土石掩埋或受損無法耕作的農地，農糧署將提供每公頃 10 萬元的重建補助。由於淤土有機質極低、復耕需大量肥料，農業部也取消國產有機質肥料每公頃 10 公噸的補助上限，建議施用量提高至 20 至 30 公噸。
若受災嚴重、短期內難以恢復耕作，可申報專案休耕，不受「不得連休」限制，每期作補助 4.4 萬元，兩期共 8.8 萬元。果樹若遭掩埋或腐蝕無法復原，廢園者可領每公頃 15 萬元補助，若重新種植，另有每公頃最高 5 萬元的種苗補助。已申報轉作的農地若也申請天然災害救助，核發轉作獎勵金時將不再受作物存活率或收穫量限制。
農機損壞需新購者，可獲最高 80% 補助；農業資材室及農機室修繕依面積補助 1.6 萬至 16 萬元不等，農產品加工、冷藏等設施重建亦以 80% 為上限。
農金署則啟動多項紓困措施，9 月 23 日前向農會貸款者，只要取得受災證明，即可享一年免息優惠。一般貸款可申請展延或寬緩一年，專案農貸如購置農機貸款，則可延後本金償還並展延兩年。
農業部拋三方案，農民拒光電取代農地
不過，沒有農田可耕，農機、溫室等補助終究派不上用場；貸款免息或本金寬緩，農民還是需要收入才能生活。面對「農田復耕」的核心問題，農水署副署長林國華指出，農業部雖已提出三項構想，但都尚未定案，希望藉此聽取農民意見。
林國華提到，第一個方案是全面移除土石，但約 600 萬噸的土方要堆到哪裡仍無解，就算找到地點，光是運載作業也需三年以上。方案二是「部分移除並就地重建」，但目前農田地勢已高於房屋與道路，一旦原地復耕，住家跟道路將陷入低窪地勢，「房子要怎麼處理」將成為下一個難題。
方案三則是辦理農地重劃，讓地形方正並重新配置水路與農路，但需過半地主同意，即便共識順利，整體程序也需三至五年才能完成。
除了三個方案外，林國華並提及，「有人提出非常有創意的作法，把這些地拿來作光電」。不過農民江先生隨即反對，「西海岸光電板被颱風吹成垃圾，光復若舖上光電板就完蛋了；台灣糧食自給率已經偏低，光電再做下去，我們的子孫會沒有飯可以吃」。
農民意見分歧，有人盼造林防風沙，有人反對徵收
佛祖街災民林黃進表示，他的農地被三到五公尺深的淤土掩埋，靠近堤防一側更堆滿大石頭，原本幾十年樹齡、需兩人合抱的茄冬與肖楠全被埋沒。他認為該區沙石含量高，夏季易起風沙，恐波及整個光復鄉，建議政府全面徵收，整地後改為造林區，以根本解決風沙問題。
不過現場農民立刻反對，強調土地是祖先留下的，「憑什麼徵收」。黃俊榮則質疑果園可獲 15 萬元賠償，稻田卻未比照辦理；吳姓農民也認為每公頃 10 萬元補助「太少了」，面對五米深的淤土，復耕遙遙無期，呼籲政府提供每月生活津貼，協助災民度過難關。
徵收或易地亦是選項 原保地補助資格仍存爭議
或許出於心灰意冷或務實考量，仍有少數災民希望政府直接徵收農地，特別是靠近堤岸的區域。有災民表示，聽說水利署計畫擴大堤防面積，因此希望能爭取較好的徵收價格；也有農民提出以地易地，盼能儘快重新起步。不過林國華回應，相關細節仍須由主管單位進一步確認。
無黨籍議員蔡依靜則指出，許多原保地仍在辦理申領，且申領人往往不是實際耕作者，補助應由誰領取成為爭議。農糧署回應，尚未完成申領的原保地雖無法提供地籍謄本，只要原民會確認為「待核准」狀態，仍可獲得補助。但依法原保地不得轉租他人，即便他人為實耕者，也無法代為領取補助。
災民籲：依受災程度分區處理
佛祖街災民高健盛指出，災區淤土深淺不一，農民需求各異，政府應依受災範圍提供不同處理方式。他建議把三項方案的補償與執行細節明列出來，並納入農民提出的以地易地、徵收等構想，一併分析可行性，讓農民能在清楚資訊下做出選擇，才能凝聚共識。
顏姓農友則直言，希望農業部能「換位思考」，若官員的辦公地點就在佛祖街重災區，會有何感受？他認為政府應先提出具體的重建藍圖，再與農民討論，而不是要農民自己在政策之間做抉擇。
研究員：「有生之年難種稻」，除非農地重劃
針對災民希望農政單位提出具體方案，與會官員私下表示，農業部決策權限有限，以原地重建為例，若農地抬升導致道路與住家陷入低窪，靠近河岸的區域屬經濟部權責，其他地點則屬內政部範圍，「都不是農業部能處理的」。此外，農地中混雜建地的情況也超出職權範圍。
倪禮豐指出，除非進行大面積農地重劃，重新設計農水路並重建底土，否則僅靠有機肥慢慢改良，「有生之年都無法種水稻」。倪禮豐認為，台灣水稻或許過剩，不一定需要投入如此精力恢復稻田，但長遠來看，農地重劃對農村發展有利。「以前政府想做就能做，現在必須取得地主同意，時代不同了。」
農糧署鼓勵農民積極試驗復耕，補助可高於休耕
儘管重建方向短期內難有明確答案，且需跨部會決策，但花改場準備展開復耕試驗，先行尋找解答，倪禮豐表示，對受災較輕微的地區，改良場希望設置示範田，透過施用有機肥與種植田菁改良土壤，以恢復農民信心，他呼籲農民能來參與示範田計畫，共同尋找答案。
農糧署東區分署長林美華表示，為鼓勵農民創造未來可能性，不論是參與改良場試驗，或依自身經驗嘗試種植牧草、大豆等作物，都可領取比休耕更高的補助，例如大豆每公頃 7 萬元，高於休耕的 4.4 萬元；花改場計畫亦可特別框列預算給付農民。
林美華強調，希望農民不要因害怕失去休耕補助而「什麼都不做」，應勇於嘗試復耕、養地或轉型，政府會提供更高補助支持主動種植者的權益。
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