各地農民市集帶來人潮，也讓許多農友希望能成為市集的一份子。但究竟誰可以加入市集擺攤、如何把關市集產品的安全與品質？講求扶持小農、產地多元的市集，各季節都可能有不同的「獨家產品」，規格又大小不一，無法以大規模統一驗證的方式，如何替產品把關，是每個市集經營團隊的難題。
「產品出了問題，消費者只會覺得『這是某某市集出品』，市集的信用與農友不可能切割處理。在食品安全事件爆發後，許多消費者轉而向農民市集尋求優質農產，讓我們壓力更大。」一名農民市集經理表示，全數採取嚴格驗證，是對消費者最安全的方式，但昂貴經費可能會「打垮」九成小農，「且加工品、文創品又該怎麼抽驗？」
「花蓮好市集剛開始擺的時候，還是路邊攤，很多附近阿公阿嬤就跑過來問：這我家種的，我能不能在這裡擺？」談起如何為市集把關問題，花蓮好事集顏嘉成也心有戚戚焉，他笑著說：「這些鄰居農民，嘴巴是問你能不能擺，其實腳踏車已經把菜籃載來了，還跟我說這我在山上種的檳榔、是有機的，你怎麼辦？」
誰能成為市集農友？
農民市集日漸崛起，誰能成為市集農友？同時兼顧品質，但也不能防備過嚴，遭人指責為「排外」。一名不願具名的工作人員表示，有些農友因品質問題申請加入不成，便到處抱怨，說「某市集都只是少數人的親朋好友，拉黨結派，」讓優惠出借場地的單位、鼓勵補助的政府機關都必須出來自清，絕對沒有圖利特定人士問題。
對此，花蓮好事集創辦人蔡建福表示，市集與東華大學合作，設有專業「驗證組」，若新農友想申請加入，會先到產地拜訪，「花費數月的時間，看土地、看田間管理，也看人。」蔡建福表示，一般檢驗室只能針對特定物質檢驗，市集不可能完全相信檢驗報告，「當然，若有值得信賴的有機農友推薦就更好，沒人推薦也沒關係，我們會親自去拜訪。」
彎腰農夫市集也會邀請有心加入的農友，到每個月的農友會議報告，讓大家討論此攤位是否適合加入擺攤。曾經有示範「魚菜共生」的攤位申請加入，農友雖覺有趣，卻與市集其他攤位風格不太相同，只好忍痛婉拒。彎腰農夫市集另有一個特色，就是容許大埔「幸福薑糖」、反核、樂生、台藏家庭等相關議題進場擺攤，支持社會運動，唯不得超過攤位總數的三分之一，維持農民市集的主體性。
248農學市集楊儒門則表示，「我的標準就是跟農友直接買，只要是農友自己的貨，我就賣。」只要經過產地拜訪，觀察確定是農友以無毒生產、對環境友善，市集就會接納，品質把關的方面，則以單雙週分開抽驗處理。
替消費者食品安全把關，建立制度化的進場退場機制
與位於都會地區、由專職人員經營的248農學市集不同，宜蘭大宅院友善市集主委、農友賴嬌燕則表示，除了固定抽驗之外，也會進行產地拜訪，由於市集團隊都是專業農民，「農友的東西有沒有問題，我們根據經驗判斷一下，再搭配送驗，大概就可以知道。」但賴嬌燕也坦言，產地拜訪實在太累，大宅院已決定今年暫不接受新攤位申請。
「就是因為這樣，所以我們採取按季申請制度，農友必須聽過說明會、來市集參訪、了解市集規則，並檢視自家產品是否與已有產品項目衝突，才能提出申請。以免農友一申請，我們就要去看產地，太疲於奔命。」高雄微風市集發起人張瑋琦指出，市集不以有機為評選指標，但自家備有檢驗儀器，絕不讓農藥超標的蔬果、加工品上架。
「對加工品的項目我們也嚴格限制，除了麵粉等台灣較少見的產物之外，使用的素材必須都來自市集其他農友。」微風市集葉杏珍指出，這樣一來，既能防止加工品質出問題，又能促進農友彼此交流、互助，讓市集更加壯大。賴嬌燕則說，大宅院團對本身也是農友，都會自己製作加工品，「你東西有沒有問題，我大概看一下就會知道，再搭配檢驗，多半都能抓出不合格品。」
「同時替消費者食品安全把關，又不能逼走農友，既要維持小農生產理念、讓市集充滿多元活力，又不能來者不拒、讓品質良莠不齊，是每個市集經營團隊必須面對的考驗。」不論各自作法為何，與會工作者均有共識，農民市集要持續發展，建立制度化的進場、退場門檻，是每個農學市集無法迴避的考驗。
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