據農委會統計，受到加入WTO、推動友善農業、合理化施肥及三段式家畜糞尿處理等政策因素影響，農業部門的溫室氣體排放逐年減緩，從2005年的7274千公噸開始逐步下降，直到2015年已經來到5537千公噸，總計降低24%，雖然農業僅佔整體碳排放的1.9％，但農委會強調，在考量基本糧食生產需求下，將會持續努力，以期減少溫室氣體的排放。
農耕面積少、友善耕作 溫室氣體排放量減少
對於二氧化碳(CO2)、甲烷(CH4)及氧化亞氮(N2O)等溫室氣體排放的減少，農委會企劃處副處長黃振德表示，主要的影響因素就是自2002年加入WTO後，農業生產受到貿易自由化衝擊，包含耕地面積、農作物生產量及畜禽飼養量等基礎的生產都呈現負成長；此外，近年來推動的政策，如友善耕作、合理化施肥、沼氣發電、改善糞尿處理方式、甚至收購低效率的老舊船隻，在減少溫室氣體上也都頗有貢獻。
至於如何計算溫室氣體的排放量？黃振德則解釋，是依據2006年版「政府間氣候變化專門委員會」(Intergovernmental Panel on Climate Change, IPCC)提供國家溫室氣體清冊指南的統計方法(2006 IPCC Guidelines for National Greenhouse Gas Inventories)。
簡單來說，黃表示數據是經過跨部會和研究單位一起估算出來的，例如養豬或種稻，各是多少生產面積？生產多少的量？又會釋放多少的溫室氣體？每一項都要個別統計，之後再依據IPCC提供的參考係數來計算，當細項出來後再把每一項累加起來，才可得出具體排放量。
學者：農牧混合養殖 少氮素肥料可減少排放
對於近年溫室氣體的減少，台大農藝系榮譽教授郭華仁則提出自身觀察，他表示，以往耕種多使用大量的化學肥料和農藥，這兩者是石油製品，透過一連串工業化手段生產，又得經過進口才能購得，自然就需要耗費大量溫室氣體。
此外，氮素肥料的過量揮灑，也會使得土壤中的微生物生態改變，長久使用下來土壤的有機質會逐漸減少，導致土壤硬化、植物的根自然難穩固，施肥就又要加量，形成一個惡性循環，氮肥更變成氧化亞氮(N2O)跑到空氣中，其造成的增溫效應就是二氧化碳的300倍以上。
因此，郭華仁強調，倚靠根據生態學原理的有機農法，將可以透過自然的生態肥料來有效減少溫室氣體排放，他也鼓勵市面上的有機農場，盡量減少「買肥料」，自己做卡實在。
至於占溫室氣體排放大宗的畜牧業，郭則是建議可以回歸傳統的農牧綜合養殖，農民拿自己種的作物或家庭廢棄物去養禽畜，可以減少飼料的使用；再來，農作物轉換到肉品到市場上販賣，對農家經濟也有好處，否則大量養殖採用化學飼料、又會使得動物在消化過程中排放過量甲烷，溫室氣體將會節節升升。
對於學者的建議，農委會強調，雖然農業佔整體溫室氣體排放的比例低，但在兼具環境生態與農業發展的國際趨勢下，將考量基本的糧食生產需求後，持續努力。
