前篇提到了5個紅藜種植的關鍵，而品種則是農業種植最重要的成功條件，所以留在本篇細談；紅藜因近幾年才有大量專業種植，農政單位尚未正視，各區農改場也未開始建立紅藜品種的育種及資料庫，一切都需民間自行努力，所幸紅藜消費市場的接受度逐漸打開，讓可樂穀謝場長及研究團隊可以一步步踏實的孕育出色彩繽紛、產量高、品質佳的紅藜。
紅藜外殼顏色：
在外人來看，紅藜表面都是一樣的紅色，但可樂榖農場的專業選種育種標準，會先區分出紅、橘、黃3大主色，再細分成18種次顏色色系，經過多年研究，可樂穀發現不同顏色產量確實有所差異。
籽實顏色：
紅藜除了一般常見的淡棕色籽實，其中還有黑色籽實紅藜，外殼較脆硬，經長年留種研究，初步發現黑色籽實會減少20%產量，其營養與機能性成分與一般籽實的相異之處，目前仍在進行實驗分析中。
地區品系：
台灣不同鄉鎮來源的品種，有不同的高矮植株、結穗大小、成熟長短皆有不同；可樂穀農場「105年度秋季種植」紀錄分析，計畫種植藜麥11個、紅藜7個品種，無奈接連幾個颱風橫掃，導致苗盤受損嚴重，最後只剩藜麥6個、紅藜4個品種，因此緊急新育4品種紅藜苗來補足缺額，卻影響到下一年度的種植計畫，所幸團隊夥伴齊心協力補救種植進度。下表為105年度秋季可樂穀種植紅藜品種與成長特性，分享給農友參考：
品種培育需要全面性的深入研究，這部分值得紅藜專業種植者們合作，盼望農政系統、學術單位、產業先進，可以一同將紅藜的在培管理朝向更穩定的方向發展，甚至開發出特殊性機能豐富的品種，才能在國際市場上佔有一席之地。
