準行政院長林全下午公佈第二波內閣人事，農委會主委確定由前屏東縣長曹啟鴻出馬，環保署長則是民進黨立委李應元，兩人副手分別是中興大學教授陳吉仲，以及環境社運律師詹順貴；曹啟鴻表示，到農委會不是當官，而是來「服務」，面對外國豬肉叩關，未來將強化台灣豬肉體質，讓台灣脫離口蹄疫疫區以便外銷，也預計修改《農業發展條例》，拉長農舍移轉時間。
除農委會、環保署，另包括行政院秘書長陳美伶、公共工程委員會主委兼政委吳宏謀、國發會主委兼政委陳添枝、法務部長邱太三、勞動部長郭芳煜。
林全表示，曹啟鴻是有想法的人，民進黨智庫曾多次徵詢他的意見，互動良好，且他曾擔任屏東縣長，深深知道地方民意、需求，處理事情穩健度夠，任內獲得良好聲望，屏東是農業大縣，台灣農業要轉型、升級、發展特色、品質提升競爭力，需要一個有聲望、可信賴的人來溝通，特別是對農民，以促進農業現代化。
曹啟鴻出馬，力推農地綠能
曹啟鴻是屏東林邊人，曾在林邊國中擔任老師，從政資歷完善，從國大代表、省議員，一路當到立委、縣長，不論身份怎麼變，外界還是習慣稱他曹老師。
他和環保界淵源很深，擔任省議員時即創辦「台灣藍色東港溪保育協會」，改善河川污染、社區營造，2009年擔任屏東縣長時，利用莫拉克災區及地層下陷農地，搭建太陽能板「養水種電」，近年力推豬糞廢水沼氣發電，和蔡英文綠能政策方向契合，是意料之中的人選。
其實在林全正式公佈消息前，曹啟鴻即和許多環保界老友交流、諮詢意見，許多人正面看待這位「環保縣長」掌管農委會，但過去他曾在屏東五溝水濕地蓋水泥溝渠治水、高屏溪畔興建火葬場，引起當地環保團體強烈反彈，卸任前爆發餿水油食安事件，屏東老農多次向縣府舉報卻未獲重視，也引起外界批評。
不過林全為曹啟鴻喊冤，他說，食安是整體問題，不能歸咎到個別縣市，也不能因此判斷曹啟鴻適不適合推動農業政策，農業改革牽涉到太多人的生計問題，所以需要有經驗、懂地方溝通的人，曹啟鴻穩重，且可以和人溝通，行政院會給他支持。
公佈內閣名單前，曹啟鴻曾接受上下游專訪，未來將續推農地種電，但會由地方政府盤點、整合農地，避免業者和農民單點式種電，破壞農地；對台灣加入TPP，他表示，農委會沒辦法決定，但會強化豬肉體質迎接挑戰，一年半內擬定計畫，脫離口蹄疫疫區以便外銷。
環保署長李應元公衛出身
環保署長李應元雖不是環境出身，但從政經驗豐富，具備公衛背景，曾任行政院秘書長、勞委會主委、雲林縣副縣長。
林全說，李應元曾擔任立法院衛環委員會召集委員，現在大家重視環保，未來要解決環保和經濟間的衝突，需要一個擅長溝通協調、思考周延的人來領導環保署，社會對環保要求越來越高，環保署需要更高標準，但要付諸實施是很大挑戰。
副手多社運戰將
農委會副主委由陳吉仲擔任，社運戰將、前綠黨立委候選人詹順貴出任環保署副署長。
陳吉仲目前是中興大學應用經濟系教授，參與多項農委會研究計畫，是台灣頗受重視的年輕一代學者，近年研究台灣加入TPP對農業的衝擊，以及稻米保價收購制度，成為蔡英文重要的諮詢對象。
值得一提的是，陳吉仲從氣候變遷和農業關係起家，在美國德州農工大學攻讀農業經濟博士時，就研究聖嬰現象帶來的農業影響，據指出，未來他將會用農產品天災保險，取代農產過剩時的收購補貼。
相較於曹啟鴻從政經驗豐富、走溫和路線，陳吉仲較敢言敢衝，雖參與多項政府計畫案，卻曾公開批評國民黨政府推行的自由經濟示範區、服務貿易協定，多次為民團「台灣農村陣線」站台，兩人有互補效果，但也考驗新政府磨合能力。
林全表示，陳吉仲在智庫工作很久，和曹啟鴻很久前就有互動，兩人會是很完美的搭配，希望在他們努力下，走出台灣農業新局面。
環境律師詹順貴走入體制，林全盼解決經濟和環境衝突
環保署副署長詹順貴，在社運界有「遊俠」之稱，不顧生計，為了弱勢的環境和土地說話，曾參與苗栗大埔開發案、美麗灣訴訟等等，推動環保署修改《水污染防治法》、《毒性化學物質管理法》等等，對環境法條相當嫻熟。
林全笑說：「詹順貴專門跟政府打官司的」，但他對環保問題有很深的了解，自己曾詢問他，環評若做了很多年，對投資人來看風險性太大，環評應該把行程縮短，詹順貴則回應如果一開始選址錯誤，就不會過，「他的想法可以跟環保團體溝通，希望把環保和經濟衝突降到最低。」
詹順貴今早沒接聽手機，熟悉詹順貴的朋友對他可能出任環保署副署長並不意外，「他對權力沒有太大渴望，但志在改革。」
地球公民基金會執行長李根政和曹啟鴻相識20多年，與詹順貴也是社運好夥伴，面對戰友入閣，他說民間團體是永遠的在野黨，會好好監督，但也願意討論合作，呼籲環保署和農委會重視農地污染問題，處理農舍和工業廢水，另建立長遠的國土目標，擬定制度性配套，如台灣的林業政策，不要政黨輪替就政息人亡。
他也提醒戰友，既是帶著改革精神入閣，就要設定好明確目標，因為四年很快就過了，稍不小心就可能淪為民進黨砲灰，還折損了社會聲望，也呼籲民進黨給這些入行政體系改革的人多一點授權。
