自 11 月 19 日宜蘭種鴨場出現禽流感疫情後，禽場感染 H5N1 亞型高病原性禽流感病毒（以下簡稱「H5N1」）又增加兩例，且根據檢驗，推測出現兩種不同 H5N1 傳染來源，傳播率恐比往年更高。農委會表示，將加強秋冬防疫措施，確實執行案場鄰近禽場消毒與查驗，阻絕 H5N1 擴散。
目前 H5N1 並未進入陸禽場，但已有養雞場因H5N2病毒疫情而損失慘重，養雞業者期望透過獸醫師加強禽流感病毒抽檢，確保禽流感不會影響禽產供應。
禽場感染 H5N1 再添兩例，病毒出現兩種來源，疫情恐比以往嚴峻
繼11月19日宜蘭種鴨場發現H5N1後，近日又於高雄市路竹區與台南市官田區的肉鴨場檢出H5N1，案場皆依規定進行清消與鴨隻撲殺，3個養禽場鴨隻撲殺數量超過2萬隻。不過農委會表示，目前不致於影響整體鴨隻供應。
截至今日，分別有 3 場養禽場與 3 處野鳥聚集地檢出 H5N1，檢出地區包含宜蘭、花蓮、台南與高雄，目前依照防檢局分析，案場都鄰近濕地，彼此距離皆超過 35 公里。農委會副主委黃金城說明，推測目前感染 H5N1 的案場為各別感染，並非案場間傳遞，「應是候鳥進入禽場中，透過排遺或接觸傳播病毒」。
不過黃金城解釋，台灣自 11 月底就開始檢出 H5N1，經家畜衛生試驗所（以下簡稱「家衛所」）分析，目前案場與濕地共出現兩種不同區域來的病毒基因型，雖然皆對哺乳動物傳染力不佳，導致人染疫的可能性低，仍顯示台灣存在不同 H5N1 傳染來源，「這次疫情可能比過去禽流感疫情更嚴峻」。
全球禽場禽流感案例達到 3,372 件，其中 H5N1 案例為 3,229 件，比例超過 95%。 黃金城補充，美國在這波疫情中撲殺 5,800 萬隻雞，將對全球雞蛋和雞肉供應、以及台灣種雞進口造成影響。目前美國的雞蛋比台灣貴，英國的雞蛋供應也出現限量購買的情形。
強化防疫措施，呼籲養禽業者減少鴨隻入水，補強設備防鳥
家衛所所長邱垂章表示，鴨子感染 H5N1 後 48 小時內即會死亡，明顯症狀僅心臟出血點跟心肌有白色壞死組織，表示 H5N1 致死率高，家禽未出現其他外觀症狀即會死亡。
若是 H5N1 傳播入陸禽場，可能增加病毒變異性而加重疫情，目前防檢局已通令全國防疫所對各縣市轄區內養禽場加強消毒。防檢局副局長徐榮彬說明，台灣於9月底推動「秋冬強化防疫措施」，目前採樣 246 場禽場送驗，有 4 處禽場出現禽流感，防檢局已對禽場與溼地進行消毒。
徐榮彬表示，除加強秋冬強化防疫措施，為了防止禽流感擴散，亦主動檢測目前案場半徑 3 公里內所有禽場，案場半徑 3 至 5 公里禽場則交由禽場獸醫師臨床檢查，另外也提高案場周邊消毒頻度，同時下調化製場數量管控比例至 1.5%，若超過則認定為化製量異常，將對禽場進行檢查。
根據家衛所分析候鳥排遺和染疫鴨場，判斷病毒應來自候鳥。黃金城補充，現勘 H5N1 案場，有 2 場屬於半開放式飼養，鴨子會於部分時間暴露於開放水池中，讓禽流感藉由水池中野鳥傳播的風險增加，建議鴨農冬天減少鴨隻到水池的頻度，降低與野鳥接觸的機會。他同時呼籲，禽場設施若破洞太多未修補，容易讓外界的鳥類進入，預計對養禽業者加強宣導，補強防鳥設施以阻隔禽流感進入禽場。
雞農繃緊神經，期望政府加強防疫 避免影響陸禽
國內養雞場多位於中南部，日前屏東鹽埔蛋雞場傳出禽流感 H5N2 疫情，當地雞農透露，蛋雞的疫情是被水禽所傳染，該案場隔壁為鴨場，已經連續三批蛋雞都染疫，死亡的蛋雞正值產蛋高峰，案主損失慘重。該名案主原透過低利貸款建置平飼蛋雞場，投資金額高達 6,000 多萬元卻無法回收，「雞場可能要賣了」。
養雞場裡究竟有沒有疫情？屏東縣蛋雞聯誼會會長林志強表示，通常是天氣冷的時候，才會比較多雞隻感染禽流感，今年冬天氣溫高，「目前沒什麼疫情」。不過現在全球都傳出禽流感，雞農不可能不擔心，年初缺蛋就是禽流感造成，但農委會建議多年的圍網政策，產地很多雞農圍了又拆掉，因為網子無法阻絕病毒的傳播，雞農只能各自想辦法。
對於產地疫情，台中養雞協會理事長陳佑澈看法不同。他說明，國內蛋雞場內的禽流感疫情長年存在、從未停歇，只是病毒有所不同，而現在全球禽流感疫情嚴峻、導致大缺雞，這也會影響國內種雞的供應。此外，農委會為了穩定供應雞蛋，透過進口雞蛋來調節，但全球雞蛋一直在漲價，國內防疫措施應更精進，例如：比照國外透過獸醫來做常態性病毒抽檢，才能更有效地掌握疫情，否則疫情遲早會影響禽產的供應。
