去（2015）年底通過的《學校衛生法》修正案，讓非基改食材退出校園；但有不具名教師投訴，教育部除一紙公文外沒有其他配套，根本讓校方自生自滅。教育部澄清，目前有專人規畫配套辦法，但在正式公告前不願對外說明。
倡議校園午餐非基改的發起人黃嘉琳表示，法案初衷是在既有飲食均衡上吃得更安全，但教育部發給家長的意見調查單，卻讓家長在價格和菜色縮水間擇一，部分學校更默許業者乾脆取消豆製品或水果，一線教師也不知如何判斷基改與非基改食材，立法美意變成家長、學童、團膳業者和一線教師間的災難。
一線教師訴：中央公文要「依法辦理」，卻全無配套
《學校衛生法》修正案通過後，各校營養午餐不能再供應基改食材，一位匿名的基層教師向立法委員投訴，教育部只有一紙公文要各學校「依法辦理」，只附上衛福部《包裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項》、《食品添加物含基因改造食品原料應遵行事項》、《散裝食品含基因改造食品原料標示應遵行事項》等密密麻麻的法條影本，完全沒任何配套說明，形同放學校自生自滅。
接獲投訴的林淑芬立委辦公室助理黃俊傑表示，這項政策除配套作業不明外，教師們也惶恐校方並無能力分辨基改和非基改食材，若業者「陽奉陰違」、違法使用基改食材，「一線教師是否要承擔法律責任？」
教育部：草案正研擬，但「未公開」、無法透露
面對配套不足的質疑，教育部國民及學前教育署視察廖政暉回應：「我們正有專人辦理配套草案。」但當記者進一步詢問部內規畫方向、初步辦法、預計可能調漲金額和確切出爐時程，廖都以草案「未公開」為由而無法透露。
不過她強調基改食材並非「毒物」，只是基於提升學校營養午餐的品質，才將《學校衛生法》修正；但校方和業者間契約、辦法，尤其是家長最關切的價格調升與否，都由學校自行決定。
不加費用便取消水果？業者：非基改食材貴，還要檢驗費
教育部要學校自行決定，但根據上下游取得的「意見調查通知單」內容來看，《學校衛生法》的修正，在校方眼中似乎只有「價格」問題。
該通知單雖有3種選項，但可歸結成若家長不同意調漲費用，將取消原先一週供應2次水果的結論，有些學校乾脆默許業者避開提供豆干、豆腐等豆製品來因應。
劉小菁表示，如今民眾對團膳品質的要求越來越高，業者利潤的確微薄。經計算若全面改用非基改食材，成本會增加1、2元；若校方、家長真的不願抬升價格，也只能取消附餐的水果。
日本「給食會」集體採購 台灣各校自行處理
同樣是校園營養午餐食材，日本採取大宗物資集體採購的「給食會」制度，專門調度營養午餐用大宗物資，提供學校經過衛生檢查、營養符合標準的食材。
學校給食會為全國性組織，每個都道府縣都有一個，負責提供地方上營養午餐用的麵包、麵條、牛奶、米、調味料、罐頭…等非生鮮的物資，除了大宗物資，給食會也提供醬油、柴魚片、罐頭、冷凍肉品、果醬、調味醬汁、乾貨等一般物資，其中更有許多是為了學童健康安全而特別開發，如東京給食會委託廠商製造的無基改大豆醬油、無化學調味料的雞高湯粉、和風高湯粉等等。
台灣學校營養午餐的食材採購，則由承辦的民間廠商或團膳業者各自作業，將來是否參考日本的給食會制度，或由教育部和其他部會協調、辦理安心食材平台，廖政暉僅表示：「我們有食材登錄平台，能確保學生的安全。」
經營新北地區營養午餐的業者統鮮公司營養師劉小菁表示，「如果有給食會這種平台，對我們來說當然會很方便。」不只基改，其他用藥的狀況也能一併把關。
推動校園午餐非基改團隊：美意別變災難
推動校園午餐非基改的發起人黃嘉琳表示，《學校衛生法》修正立意良善，但缺乏完整配套卻會讓美意「變成災難」。她表示，原先倡議基改食材退出校園，便是希望在維持飲食均衡、多樣的前提下，強化「食的安全」；至於教育部推出的價格、菜色變化二選一，完全不是修法重點。
「我知道很多團膳業者利潤非常微薄，而我們拜訪很多業者可以抓出一個共識，若全面改用非基改食材，成本增加2到5元是合理範圍。」
但現在教育部不僅欠缺通盤配套、尋求預算補貼，現行作為形同變相要家長、學校減少菜色變化，甚至放棄食用豆製品，「那營養均衡能兼顧嗎？」
