據農糧署統計，101年台灣化肥使用量為101.1萬噸，換算成化肥三要素使用量每公頃約432公斤，約是國際平均的1.6倍，比日本、荷蘭等國還高。97年國際製肥原料大漲，農委會每年編列經費補助化肥價差，至今累計高達252億元，變相鼓勵農民化肥「用免驚」。農委會宣布，今年7月1日起，化肥補貼將全面轉型，經費移作補貼友善環境資材及微生物肥料，改良地力並促進化肥減量。

化肥補貼轉型，39號、特43號都停止，鼓勵使用有機資材

農委會說明，為因應民國97年國際製肥原料大漲，該會開始辦理化學肥料價差補貼工作，迄105年底累計補貼經費已達252億元。為促進國內有機及友善農業發展，今年7月1日起，化肥補貼措施將全面轉型，目前尚在補貼中之39號及特43號等2種化肥亦將停止，農委會強調，已協調台肥及肥料業者，吸收該兩種肥料價差，農友購入末端價不會變化。

化肥補貼政策平均每年支出約20億，農委會現將經費移作為鼓勵農友多使用有機資材及肥料，預計每年投入12億，提高國產有機質肥料補助標準，並搭配合理化施肥措施，增加微生物肥料、農田地力改良及含有機質複合肥料等項目之補助，繼續推廣冬季種植綠肥作物，以善用各類肥料資材，循環利用各項資源，導引農民減施化肥，促進國內化肥進一步減量。

補助花東離島肥料運費每公噸500元全國售價一致

農委會表示，國內肥料工廠集中在西部地區，花東及離島地區農民末端購買肥料價格較西部地區每包（40公斤）增加約20元至50元，農委會主委林聰賢今日出席台肥公司花蓮廠肥料供貨中心階牌典禮表示，自今年（106年）7月起，針對農民常用化肥，將補助運輸至花東及離島之運費每公噸500元，並輔導肥料業者建立各種肥料全國統一參考售價，未來農民在各地區購買同一種肥料價格將不高於該參考售價，讓各地區農友買到肥料價格一致。