新鮮生乳經殺菌後就近製成起司，不但美味且能增加酪農收入，然而根據現行法規，除了中大型乳品加工廠或是小型「前店後廠」可合法製作起司，位於農地上的牧場並不被允許製作乳品加工。
儘管 2019 年，立法院已允許小農在農地建置農產品初級加工室，除農糧外，果乾、水產也已納入，但乳品仍被農業部排除在外。反觀日本、義大利酪農均可建置小型起司工房，讓起司遍地開花。乳業協會呼籲，農業部應通盤檢討，針對生乳販售、乳品加工等問題，並提出對策，才能讓乳業長遠發展。
食工所針對小型業者提供衛生安全指引
國內法規中，乳品加工廠建置門檻高，具備工廠登記證的食品製造業者，或是員工人數 5 人以上、有商業登記證且資本額 3000 萬以上者，必須符合 HACCP 規範。
至於「無工廠登記證」，但具商業登記證、員工人數不到 5 人，且資本額少於 3000 萬的小型起司工坊，在法規上應遵循食品良好衛生規範（GHP），並落實食品業者登錄、主動通報、保存產品原材料、半成品及成本來源文件、投保產品責任險。
考慮到現有乳品規範是為大廠設計，食工所的《小型起司工坊建置及衛生安全指引》是依照 HACCP 的風險控管精神進行設計，協助小型生產者，能在乳品製造過程能滿足基礎的食品安全衛生規範（GHP）、降低風險，具備優良品質。
生乳需先經殺菌再製成起司，防止污染
成就美味起司的關鍵為乳源及微生物，但若未遵守良好規範，也可能導致污染。食工所技師邱筱芝指出，起司相關的食品中毒事件大多與「李斯特菌」有關，其中美國受污染案例中又以 Queso Fresco 起司較多，該款起司為新鮮起司，質地柔軟易碎，易受污染原因為其高 pH 值及高含水率，且相對於其他微生物，李斯特菌對高鹽含量的環境有較高的耐受度。
美國曾調查 1998 年至 2011 年間的起司相關食品中毒案件，發現到使用未殺菌生乳製成之起司，引起食品中毒之案件數無明顯較高的趨勢，邱筱芝表示，生乳殺菌程度不足仍可能殘存病原菌，例如：大腸桿菌、沙門氏菌、禽流感等，也因此近年來美國各州相繼禁止未殺菌生乳「直接加工」，亦即製作起士前，需先進行生乳殺菌。
邱筱芝說明，製作起司所需乳源，需經巴氏殺菌，較適合的殺菌條件為低溫長時間（LTLT）或高溫短時間（HTST），若加工場域設有殺菌機、以機械製作，宜採 HTST，若加工環境較小、人工控制鍋爐進行殺菌，則可採 LTLT。
食工所輔導做新鮮起司，提出加工場域管理指引
考量到目前進口起司多為保存時間較長的熟成起司，食工所將針對「新鮮起司」進行輔導。邱筱芝表示，考察日本及義大利的起司工房過程中，微生物的管理是關鍵，因此運輸到加工的環節都必須把控，例如：源頭生乳運輸車應避免日曬雨淋、集乳桶則應有覆蓋來保溫，若以生乳槽車運輸，收乳口應有密閉管制，並定期清潔，收乳後一定要將生乳殺菌。
新鮮起司屬於天然起司，天然起司的品質容易受到環境菌相影響，因此加工場域需確保通風、交叉污染。邱筱芝以日本為例，日本與台灣一樣土地面積有限，小型加工室操作依然嚴謹，包含通風管口避免直接吹向生產線、設置洗手設施，設備零件及工作服都有吊掛專區，所有工具、設備也都要定點放置，容器則需離地放置。
對於設備及人員著裝，邱筱芝提醒，日本、義大利的起司工房有的會使用木質、銅鋁材質的器具，但台灣法規並不建議，且食品接觸面應保持平滑清潔、無剝落；工作人員則應確實量測溫濕度、時間，手則應避免飾品、指甲油，「國內衛生單位稽查會特別注意。」
起司成品需遵守食品安全衛生標準，邱筱芝提醒，起司成品需注意大腸桿菌、沙門氏菌、李斯特菌、金黃色葡萄球菌等微生物，以及重金屬、黃麴毒素等污染，還有所含戴奧辛、多氯聯苯，值得注意的是食品添加物，天然起司可用凝乳酶，但台灣法規不可添加亞硝酸鹽；再製起司可用添加物較多，但磷酸鹽和防腐劑都有限量。
日本政府提供補助，協助國產起司的初期建置
本土起司產業，除了需要食品衛生的指引，補助也是發展初期關鍵。北海道白糠酪惠舍起司工房代表井之口和良表示，日本政府約從十年前開始補助、發展國產乳製品，補助涵蓋數個項目，其中包含興建工房，在日本建置一座起司工房至少需 5000 萬日圓，日本農林水產省最高補助 2500 萬日圓，有了補助後，小型起司工房遍地開花。
除興建補助外，日本農林水產省也提供包裝補助、生產獎勵金以及協助海外比賽。那須之森起司工房負責人山川將弘透露，不只農林水產省提供補助，經濟產業省也會提供設備補助，對於小型起司工房起步非常有幫助，以他經營的工房為例，2019 年透過國家補助款重建，建造資金有三分之二來自補助。
不過，井之口和良也表示，日本農林水產省對起司的補助款是逐年減少的，經產省的補助門檻近期也提高了。千葉縣的千起司工房便未申請到補助款，起司職人柴田千代表示，三年前申請補助未成功，原因和工房規模、產品附加價值有關，於是她便改朝「世界的起司」發展。
台灣酪農製作加工限制多
日本經驗雖值得台灣借鏡，但台日兩地酪農處境完全不同，台灣乳品廠與酪農簽約，除契約收購量，也限制酪農剩餘生乳的銷售，日本則否。山川將弘表示，日本並未限制酪農的生乳銷售；柴田千代也以自身乳源「高秀牧場」為例，高秀牧場的乳源供應給三個起司工房，以分散銷售風險。
台灣大學動物科學系名譽教授徐濟泰認為，台灣乳業想發展起司或其他乳製加工品，讓起司真正形成文化、產業，政府應重新檢視、輔導廠農雙方的契約，除契約收購量之外的生乳，酪農能保有自行處理的權利，也讓更多民間職人能取得生乳，嘗試、探索加工的可能性。
乳品應納入初級農產品加工場
除生乳的銷售外，乳品加工的法規也需調整。目前法規不允許牧場如日本一樣可就近設置小型加工場。2019 年底，立法院通過《農產品生產及驗證管理法》修正草案，讓小型農場可設置出初級農產加工場，農糧、水產，果乾等產品都已涵蓋，但乳品尚未納入。
目前食品工業研究所已提出《小型起司工坊建置及衛生安全指引》，只待農業部畜牧司將乳品納入初級農產加工場規範，即可進行輔導。中華民國乳業協會秘書長方清泉呼籲，農業部應通盤檢討，針對生乳販售、乳品加工等問題，儘速提出對策，讓乳業能健全地發展。
延伸閱讀：
起司論壇 01》日本酪農打團戰，政府出力扶植，透明溫柔日式起司，市佔率達10%
起司論壇 02》台灣起司魅力獲名廚青睞，職人研究會、酪農專區設加工中心打群戰
