由於降雨未見起色，桃竹苗中嘉南4.1萬公頃農地停灌後，苗栗中港溪也在昨天列入最新停灌區，不過去年經濟部陸續公布停灌範圍後，頻頻引發重工輕農的質疑，嘉義縣以稻米為主要收入，縣長張花冠痛批，嘉義有57%是農業用地，中央卻選擇停嘉義水沒停台南，毫無「供水正義」；也有學者指出，農委會刻意打壓水稻，以減緩公糧買低賣高、每年超過60億的虧損，但農委會始終否認。
然而，農委會內部針對停灌政策的因應說帖卻顯示，針對為何停灌嘉義稻作區，農委會指稱嘉義稻作賺款不如雜作多，另外還劃底線粗體字強調，「停灌嘉義地區一期稻作約可節省至少5.6億元公帑（減少公糧價差虧損），並具減少倉儲及稻穀市價下跌之壓力等多面效益考量」。
上述說法遭嘉義縣農業處長林良懋痛批，不該將停灌和公糧收購混為一談，「這不是一個農業單位該說的話，要嘉義農民情何以堪。」
公糧爆倉當飼料，每年虧損60~80億
為了穩定物價，政府從1974年開始稻米保價收購制度，價格依照計劃收購、輔導收購與餘糧收購有所不同，以價格最高的計劃收購為例，2006年每公斤價格是21元，2007年調高為23元，2011年再加3元，一公斤價格達到26元，每年約收購全台稻米生產量三分之一。
由於不斷加碼，公糧倉庫年年爆滿，法定的三個月安全存糧約30萬噸，但2008年農委會公糧已有31萬噸，2012年直接翻了兩倍，來到73萬噸，加上前年開始推動休耕地活化，目前庫存量已高達87萬噸，幾乎要爆倉。
由於庫存太多，農委會必須把舊米打成飼料，以每公斤8到10元賤價賣出，公糧撥售為飼料米的量，從 2009年約8千公噸，暴增到2013年17萬公噸，農委會主委陳保基曾表示，每年因為公糧虧損60~80億元，全由納稅人買單，2013年還因此遭到監察院糾正。
農委會內部文件指出，停灌稻米區為減低公糧虧損
這次全台有4.4萬公頃農地停灌，中興大學行銷系名譽教授吳明敏1月2日接受媒體採訪時曾質疑，這次停灌政策背後有降低公糧庫存的用意，農委會當天隨即發出新聞稿澄清，「農田停灌係因枯旱缺水，並非為消化公糧」，農糧署已經強化公糧銷售管道，近年來均能謄出倉容，因應公糧收購作業，強調「今 (104) 年第一期稻作停灌是因應缺水之不得已作法」。
從10月至今，台灣降雨量只有同期平均3~5成，確實存在缺水危機，然而農委會的休耕停灌說帖卻顯示，選擇停灌區域時，解決公糧虧損的確是其中一個考量。
以往嘉南水利會都是全區停灌，這次卻僅停嘉義8493公頃，以及少部分台南白河灌區，其餘台南地區都未停灌，農委會去年12月31日印製的「104年第一期稻作辦理停灌作業參考資料」，以劃底線字體加粗的方式載明：「停灌嘉義地區一期稻作約可節省至少5.6億元公帑（減少公糧價差虧損），並具減少倉儲及稻穀市價下跌之壓力等多面效益考量，爰建議辦理嘉義地區明年一期作8,493公頃公告停灌」。
此外，104年度嘉義稻作需水量約1億噸，台南1.3億噸，整體春季雜作約0.8億噸，停灌嘉義稻作比停灌雜作多省2千噸水，嘉義種水稻區域的總農家賺款僅6.8億，全體春季雜作的農家賺款約24億，產值也較稻作高。
嘉義縣政府：「要嘉義農民情何以堪」
稻穀保價收購制度有改進空間，但有許多專家認為，農委會該檢討的是為何稻子種這麼多，把停灌和公糧導致的問題混為一談，並非解決問題的根本之道。
嘉義縣農業處長林良懋批評，中央政府不應該用省了多少錢來看待停灌，「這不是一個農業單位該說的話，要嘉義農民情何以堪。」嘉義有57%是農業用地，這次停灌範圍高達43%，中央應用更宏觀的角度審慎評估，現在的政策忽略不同縣市區域間的發展。
林良懋也質疑，中央對雜作的收益評估錯誤，如果雜作利潤真的這麼好，稻農早就轉作了，政府用錯誤的數據作出錯誤的決策，實際上，台南沒停灌，根本是為了保障南科用水，嘉義位在水尾才被犧牲。
農委會政策自相矛盾，應檢討稻穀保價收購而非停灌
值得注意的是，就算雜作真如農委會所言收益較好，不過成本和機械門檻也相對較高，目前推動小麥、黃豆、芝麻復耕，農委會每公頃都補助4.5萬元，才能吸引農民種植。
另有糧商直言，農委會政策自相矛盾，一邊要農民少種稻，一邊為了選舉加碼稻穀收購價格，完全看不出長遠的政策規劃，總是治標不治本，旱作補貼也不知哪一年會取消，雖然這次停灌水稻可能讓稻穀價格較好，造福大多數農民，「但是對被休耕的農民公平嗎？」
台北糧食協進會執行長劉志偉認為，要讓台灣農民少種稻，根本的解決方法是逐步取消稻穀保價收購，現有的收購制度把農業生產力和老農社會福利綁在一起，出發點是保障老農有穩定的收入，但也讓農民不想轉做其他作物，每年花納稅人的錢補貼公糧虧損，若不取消稻穀保價收購，回到正常的市場機制，只會上演同樣的循環。
