台灣爆發新、舊型禽流感疫情至今已近三個月，累計撲殺的家禽數量已超過418萬隻，其中養鵝產業受創近九成，損失金額高達26.7億元，其次是養雞產業損失約2億元，養鴨產業則損失約0.5億元，三者加起來已接近30億元，堪稱1997年豬隻口蹄疫情以來經濟損失最嚴重的動物疫病災情，有「家禽界伊波拉」之稱。
如果禽流感病毒只會感染野鳥或家禽，最多只是造成畜牧業經濟損失，但禽流感病毒容易重組變異，又具備跨物種感染的能力，始終是世界各國獸醫畜牧與公共衛生學界高度關注的人畜共通傳染病。
從2008年開始，聯合國糧農組織（FAO）、世界動物衛生組織（OIE）、世界衛生組織（WHO）等國際機構倡議「一個世界、健康一體」（One World, One Health）的概念，強調必須跨領域地在「動物、人類與生態」的介面上通力合作防治新興傳染病，避免演變成地方、區域甚至全球大流行。
面對禽流感疫情，國際間強調跨領域合作，疫情透明與資訊分享，但在台灣，禽流感疫情始終無法擺脫資訊不透明的質疑，而新型禽流感疫情的爆發，更凸顯政府過去對於禽流感監測與研究投入經費與人力不足，家禽業者的防疫觀念欠缺，以致未能及早偵測到禽流感病毒，疫情擴散如此迅速。
最近農委會正與縣市首長及家禽產業團體討論如何重建，強調業者復養必須採取禽舍非開放式養殖，業者本身也要上生物安全課程六個小時，通過考試後才能復養，復養的環境也必須確認無禽流感病毒存在，否則執意復養者將依《動物傳染病防治傳例》規定，懲處3萬元至15萬元。
雖然農委會已規劃出家禽復養計畫，但若沒有同時建立強而有力的禽流感監測體系與足夠的檢驗診斷能量，有效及早偵測病毒活動，將來仍可能大規模爆發禽流感疫情，也讓這30億元損失補償費用白花了。究竟在這波禽流感疫情當中，監測體系出現甚麼問題？
實驗室檢驗能量不足，只有兩個人診斷
曾參與2003年SARS疫情的國家衛生研究院特聘研究員蘇益仁表示，國衛院在SARS後，已強化檢驗系統並新增47名人力，包括30位醫師、17位檢驗博士，但目前農委會家畜衛生試驗所編制僅兩人負責檢驗業務，而且實質負責檢驗者僅一位博士，在疫情延燒時，如何能應付龐大湧入的檢體量？他建議行政院應協助農委會充足人力並建立檢驗系統。
在這麼少的診斷人力配置下，面臨突然大量的檢體湧入，再加上外界急於快速知道診斷結果，第一線檢驗人員面臨極大的身心壓力，出現誤診的機率也可能增加，尤其目前的防疫策略依賴檢體診斷結果出爐後才採取行動，面對待檢的檢體大塞車，更容易喪失防疫的先機。
禽流感病毒監測不夠落實，研究資訊缺乏公開分享
至於要如何掌握防疫機先？平時進行野鳥與家禽的禽流感監測密集度與扎實度就顯得非常重要。農委會雖然將這次禽流感疫情歸咎候鳥攜帶病毒傳染所致，但又提不出平日蒐集的野鳥禽流感病毒監測研究資料，加上農委會家畜衛生試驗所平日上傳國際病毒基因庫（美國NCBI與德國GISAID）的禽流感病毒基因資料也不足，因此公信力備受質疑。
反觀農委會家畜衛生試驗所最常進行國際合作的日本北海道大學為例，北海道大學獸醫研究所微生物實驗室平日負責北日本的野鳥禽流感監測，在野鳥遷徙季節時，實驗室雖然最為忙碌，一周要處理的野鳥檢體數量可達1000件，但卻有相當多的研究生與工作人員進行採集、病毒分離與雞胚胎蛋接種試驗判定毒力。
除了日本國內北部的野鳥監測，北海道大學獸醫研究所微生物實驗室還把採集野鳥糞便檢體的觸角擴及俄羅斯西伯利亞、蒙古、中國青海、越南活禽市場、澳洲與美國阿拉斯加等地，若分離出禽流感病毒株，實驗室研究人員都會例行性且很有計畫的完成各項基礎資料分析，例如雞隻靜脈注射致死率試驗、基因定序、親緣性分析、抗原性分析等，作為後續研究的基礎資料。
難得的是，北海道大學並不藏私，將所有病毒株的背景資料、病原性、抗原性及庫存量以網頁網站的方式供大眾查詢。也因為北海道大學積極建立與充實病毒資料庫內容，因此當爆發全球性H1N1人流感、2013年中國爆發H7N9人流感以及家禽的H9與H6流行性感冒時，研究人員可以很快地從病毒資料庫中挑選抗原性相近的野鳥分離株作為疫苗株做預備，達到保護人類的效果。
反觀台灣，不但官方長期以來蒐集的禽流感病毒基因序列資訊公開程度有限，無從讓外界進行分析與研究，每年進行的野鳥與家禽流感病毒監測資訊也未建立資料庫讓外界得知採樣時間、地點等資訊。連新型H5禽流感疫情爆發之初，公衛學者應邀到衛福部疾病管制署開會評估影響，卻發現疾管署提供的病毒資料不全，包括病毒採樣的時間、地點等都付之闕如，追問之下，疾管署才說是因為農方不願提供病毒基因、採樣來源、胺基酸、核苷酸等基因序列所致。
及至強調OpenData的行政院副院長張善政下令農委會公開禽流感病毒基因資訊供各界參與疫情研究，負責人員竟然陽奉陰違，對上級誆稱已公布病毒全長基因資訊，結果不但國內其他研究單位無法據此作出判斷，連國外專家進行研究也不解台灣官方為何公布有缺漏的資訊。
除此之外，先前當香港與台灣學者合作進行禽流感研究，到台北市環南家禽批發市場採集健康家禽的糞便檢體，卻遭農委會防檢局以有「民眾」檢舉研究者私運病毒到香港為由，依違反《動物傳染病防治條例》開罰研究者兩萬新台幣。所謂「民眾檢舉」究竟為杜撰出來，還是有公務人員自導自演，不得而知，但防檢局卻已坐實打壓學術自由之罵名。（詳見防檢局新聞稿）
對照日本北海道大學研究人員積極到海外採集野鳥糞便，勤於蒐集各式禽流感病毒亞型充實資料庫進行資訊交流，台灣官方卻打壓學術界進行禽流感研究，態度猶如天壤之別。農委會畜衛所公務員欺瞞上級提供不完整的禽流感基因資訊，坐實外界對農委會隱匿疫情的質疑，更對於台灣的禽流感防疫國際形象，帶來負面影響。
產業重建前，應先建立強而有力的禽流感監測網
聯合國糧農組織（FAO）對於高病原性禽流感的防治策略，強調動物衛生（Animal health）與公共衛生（Public health）部門必須要有良好的協調與共同運作機制，鼓勵區域內疫情資訊與實驗室合作，分享禽流感資訊、生物樣材、防疫經驗與資源交流。世界衛生組織（WHO）針對亞太地區訂定的新興疾病防治策略（Asia Pacific Strategy for Emerging Diseases, APSED），也強調優先建立監測、風險評估及因應策略的重要性，以及早預警。
美國農業部禽流感專家Dr. David E. Swayne提及控制禽流感的策略時，特別強調病毒監測與抗體監測的重要性。他強調，良好的病毒監測可以明確地偵測田間有無病毒活動，以及時處理禽流感案例，可說是跑在疫情發生前；抗體監測則是偵測禽流感的易感族群是否已暴露在病毒感染下，尤其是使用疫苗防治禽流感的情形下。
David E. Swayne強調，有效的禽流感監測應包含疑似案例的臨床診斷及主動積極的監測能力，才能有效找出病毒或暴露後的抗體反應。尤其監測的目的為撲滅禽流感，相關檢測診斷流程必須快速且正確，以利啟動後續防疫處置，防堵病原。
這次台灣在家禽產業同時爆發4種亞型高病原禽流感，相較其他國家家禽產業只爆發一種亞型，或是其他國家在野鳥監測時即發現多種亞型禽流感及早因應，凸顯出台灣這次疫情在全球的獨特性，也顯示背後禽流感監測體系有很大的進步改善空間。農委會在推動家禽產業重建的同時，也應思考如何強化禽流感監測體系、建構「獸醫、公衛與生態」領域合作介面，真正落實資訊公開，才可能盡快讓台灣解除禽流感疫區。
