農委會近幾年不斷提倡「藏水於農」的概念，扭轉農業是低產值、高耗水的印象，甚至委託台大研究水田公益，算出台灣稻田具有6座翡翠水庫的地下水補注量，諷刺的是，這次停灌休耕支付給農民的30億補貼，身為被斷水的主管機關，農委會必須負擔近一半，經濟部二成，科技部科學園區只佔一成。農委會坦言，未來會研議是否調整經費比例。
學者：受損害之農業不應再支付此費用
《水利法》第18條規定，用水順序分別為：家用及公共給水、農業用水、水力用水、工業用水、水運、其他用途。但第19條另規定，「水源之水量不敷公共給水，並無法另得水源時，主管機關得停止或撤銷第十八條第一項第一款以外之水權，或加使用上之限制。」不過若因此造成原用水人受有重大損害，由主管機關按損害情形核定補償，責由公共給水機構負擔之。
依據法的精神，農業用水排在第二順位，就算要「共體時艱」，把水讓給民生、工業，也必須由使用者付費。
然而，2007年農委會委託財團法人農業工程研究中心調查農用水調用機制，其成果報告《北部地區乾旱時期農業用水調用機制之研擬》指出，2002年到2006年，五年間就出現四次停灌紀錄、共補償62億元，其中農委會負擔28.18億元，相較水利署、自來水公司、國科會（現已升格為科技部），農委會平均負擔45.6％的補償金，主管民生用水的自來水公司僅負擔 19.1%、主管科技園區的國科會12.1%。
報告認為，「比例分配非常不合理，基於使用者付費、受限者得償之原則，受損害之農業不應再支付此費用，而應由用水人全額支應。」
然而，今年狀況依舊沒變，根據中央社27日報導，停灌補貼金額約30億，農委會身為被斷水的主管機關，卻必須分擔近一半費用，經濟部負擔20.95%、台灣自來水公司20.95%、科技部科學園區占13.12%。
對此，農委會農田水利處處長張敬昌表示，政府施政都是一體的，此筆經費來自活化休耕地的中程計劃，休耕種綠肥每公頃補助8.5萬元，農委會負擔不超過4.5萬，「過去已有這樣的機制，且運行很順利」，各部會應一起努力。
農糧署署長李蒼郎26日接受上下游訪問時曾表示，事涉國家經濟，由行政院整合統籌，且已經補貼給農民了，工業區調撥農用水，也必須付一定的補貼費。經濟部水利署發言人賴建信說，會邀科技部、農委會討論分配。
活化土地變休耕補貼，民團質疑農委會沒專款專用
然而，農委會以往停灌的經費來自「水旱田利用調整計畫」，此計劃原由是台灣加入WTO，每年需進口14萬多噸稻米，為避免國內生產過剩，因此每期給農民每公頃4.5萬元，獎勵休耕，一年兩期可領到9萬元。
由於連續補注休耕，許多稻田荒廢、雜草叢生，對環境和農業生產造成負面影響，農委會在2012年公布 「調整耕作制度活化農地中程（102~105年）計畫」，自2013年起，取消連續兩期休耕補助，改為補助一期，省下來的錢鼓勵農民改種小麥、黃豆、芝麻等進口量多的雜糧旱作。
如今農委會反倒用鼓勵活化土地的錢，補助農民休耕，有民團質疑，如此是否違反專款專用？
張敬昌解釋，雖然去年起農委會不再補助連續兩期休耕，但考量有些區域不適耕種，仍允許領兩期休耕補貼，每期3.4萬元，所以協助這次因旱休耕沒問題。
記者追問，農委會因取消連續休耕省下來的錢，本用來獎勵農民改種雜糧，如今又從中拿一大筆經費，補貼因旱災而來的非自願休耕，是否和目標背道而馳？且這次缺水屬非自願性休耕，同一個農民，二期還是可以休耕領補助，是否超出農委會休耕地活化預算？
張敬昌聽聞後，停頓3秒才回應，旱災是天然災害，缺水壓力迫在眉睫，各部會不能只是考慮自己要出多少錢，「應以防災為第一。」並未超出預算；而且除了直接休耕，農民也可轉作其他雜糧旱作，領補助3萬9千元。
不過已有新竹農民表示，北部天氣根本不適合種雜糧旱作，若堅持要種，還得給地主4萬6千元，補足差額，而且考量氣候風險，未必可賺到8萬5千元以上，「還沒收成就得承擔這龐大費用，根本無法做。」預告明早十點要到經濟部抗議。
研究建議，應設農業用水調度基金
財團法人農業工程研究中心建議，需調撥農用水的單位，應設置「農業用水調度移用作業基金」，統籌負責公告停灌所需的補償費，初始基金由各相關單位籌應，後續可用旱季水價專款，或提高旱季水價支應。
至於分配比例，應秉持「使用者付費、受限者得償」的原則，以過去各單位分攤的費用，扣掉農業單位，水利署、自來水公司、國科會應分別負擔 41.5%、35.1%、23.3%，可用水資源作業基金、編列專款，或科學園區管理作業基金來補償。
對此，張敬昌承諾，未來會和各部會檢討使用者付費的問題，或許可以加入「保險」觀念，讓其他需水業者多付一點錢，應付可能的缺水壓力。
代耕、肥料、農藥業者難界定，不予補貼
停灌連帶影響到育苗、代耕、肥料、農藥業者，不過農委會公佈的補貼，只補助地主，以及育苗業者每公頃最多1500元，展延農機貸款償還金額6個月。
張敬昌解釋，代耕業者的流動性太大，很難計算其在休耕停灌的地上，到底一期工作了百分之多少，無法計算他們因為停灌帶來的影響，且農民若要領到8萬5千元，必須種綠肥，還是需付錢給代耕業者翻土，「這次補貼應已涵括80%受影響的人。」不過他承諾，農委會會再研究，思考有無更好的評估方式。
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