去年《上下游》獨家揭露台灣的契作硬質玉米爆發基改污染，為了防止類似情形發生，農糧署近期推動「全面留樣」，即烘乾須先留存籽實樣品，繳交給農會時也得另外留樣，方便日後抽測出現基改玉米混入時，可以一步步回追問題來源。
獎勵國內栽培硬質玉米，卻混參進口基改玉米
據農委會資料顯示，國內每年進口硬質玉米（即飼料玉米）約 400到500 萬公噸，國產硬質玉米年產量卻僅 2到3 萬公噸，自給率不到 1%。為了提高整體糧食自給率和休耕農地利用，農委會在民國102年推動「調整耕作制度活化農地計畫」，將契作硬質玉米列為重要進口替代推廣作物之一，以每公斤9元、高於市價6元的價格來契作收購。
其中101 年期具栽培實績者，每期作每公頃硬質玉米繳售數量應達 4,500 公斤，其餘地區應達 3,500 公斤，另東部地區為 2,500 公斤，達到門檻就可領取四萬五千元獎勵金。
在政府有意推行契作國產玉米下，去年卻爆發混充事件，經《上下游》追查發現，國產玉米驗出基改成分，是否代表農民私自種植基改玉米？或本土玉米田遭基改玉米污染？時任農糧署長陳建斌解釋，這並非基改污染或田間種植，而是有人為刻意將便宜的進口基改玉米混充國內玉米，繳交給農會，賺取差價，而該批參雜基改玉米的本土玉米，已經都賣給飼料廠商大成長城做飼料使用。
亡羊補牢 農糧署推「逐戶留樣」
為了杜絕同樣事件，農糧署強調今年起將強制「逐戶留樣」。農糧署糧食儲運組組長黃昭興指出，留樣分為兩個階段，首先是農民將收成後的溼玉米交給烘乾廠時，籽實來自哪個農戶、哪裡來的，都須留樣簽名以示擔保，烘乾完成交給農會時，每一車、每個樣品也得留下三百克的樣品。
若在烘乾時就混合，送到農會時也得附上清冊證明來源是哪幾戶的玉米，以供最終查驗，估計今年留樣作業的樣品可能上看1.5萬件，農糧署會選取千分之5以上的樣品進行抽驗，像今年就預計會抽測六十件，以確保沒有基改污染。
黃昭興也指出，一旦確認玉米遭到基改品項混合，就會立即把給予農會的補貼取消，到時價差就得由農會吸收，代表農會本身就得做好品管；此外，農民部分也會將每公頃提供的四萬五千元獎勵金收回，並且取消下一年度的契作資格以示懲罰。
業界質疑，混充管道很多，光留樣難以防堵
不過對於農糧署的新政策，農會知情人士指出，整個契作從種植、烘乾到繳交，其流程繁雜，只有採取留樣來防堵可能於事無補，像部分不法代烘乾業者，收取玉米時就會與農民協商，購買價格較低的進口玉米來混摻，以提高整體數量，混合烘乾後就很難判定其來源，如此一來留樣就只是做戲。
本身有種植玉米的農民蔡一宏則認為業者搞鬼機率不高，因為政府還有補貼烘乾業者每公斤兩元的烘乾費用，且基改玉米的色澤和台灣的臺農 1 號、臺南 20 號及 24 號等，都有明顯差距，有問題的環節反而比較有可能出在「運送車輛」上，因為部分車輛會裝載進口玉米後再裝載契作玉米，以一車三十多噸的裝載量來判斷，混雜的可能性不是沒有，建議政府應該從此下手檢查。
對於業界的質疑，糧食儲運組組長黃昭興則回應，烘乾廠的部分會藉由清冊來做查核，若發現問題，就會針對該區域去擴大追蹤；至於農民提及的運輸裝載部分，他則認為問題不大，因為基改玉米多做飼料使用，車輛的運輸量大，與農民用來載運玉米的田間貨車不同，一般來說都是分開裝載，因此透過留樣的機制就可以達到一定程度的預防。
