日前傳出南投鴨場檢出低病原性H5N6禽流感，總共撲殺11,848鴨隻，農委會副主委陳吉仲3日記者會上表示，這跟過去外界擔心的禽傳人H5N6高病原性禽流感不同，並不會傳染到人體。針對月前嘉義、雲林、屏東發生H5N2禽流感疫情，三縣市共撲殺近4萬隻感染禽類，外界質疑農委會刻意隱瞞疫情，陳吉仲強調，相關疫情資訊都公布在網路上，絕對公開透明，且一旦疫情嚴重、發現新病源也都會開記者會說明。
此外，未來也規劃將畜牧場分成A、B、C 等級，A級畜牧場為有完善防治措施，C級畜牧場是毫無防治措施、完全開放性養殖場，B級則介於兩者之間。農委會副主委黃金城解釋，若A、B 等級畜牧場得禽流感補償費用不變，但針對毫無防治措施、完全開放性的C級畜牧場，會採取調降禽流感撲殺補償費用，或限制期限內不提升飼養環境，以裁罰方式處理，鼓勵C級畜牧場改善飼養環境。
去年禽流感撲殺1,712,530隻 H5N2禽流感為主
根據統計數據顯示，國內禽流感疫情從去年截至目前為止，撲殺場數總共有182場，撲殺隻數則有1,712,530隻。若以病毒類型區分，H5N2禽流感病毒為主，高達150場，H5N6有12場、H5N8有10場。以禽種分析來看，陸禽114場，主要集中在土雞上，鴨55場、鵝13場。
陳吉仲表示，外界最關心的禽傳人H5N6高病原性禽流感禽場案例，只有12場，當時採取7天禁宰禁運措施，甚至要求養鴨場配合，沒有檢驗合格證明不能上市，因此在去年3月7日以後就未再發現、檢出H5N6高病原性禽流感，「這在防疫上是個重要成就」。目前台灣禽流感疫情以H5N2比例最高，陳吉仲指出，兩年前撲殺五百多萬隻，主要都是H5N2跟H5N8，「只要防疫沒做好、病毒沒消滅，就會存在到現在。」
黑面琵鷺帶來H5N6新型高病原性禽流感 南投鴨場檢出低病原性H5N6禽流感
去年12月4日台南黑面琵鷺屍體檢出H5N6新型高病原性禽流感，陳吉仲強調，這個新型H5N6跟過去禽傳人的H5N6不一樣，且也針對屍體拾獲地周邊半徑5公里內的4間白肉雞場檢測，確定沒有禽流感案例。而12月24日南投鴨場則檢出低病原性H5N6禽流感，也立即對兩鴨場進行撲殺，總共11,848隻。
陳吉仲強調，農委會一發現新型病原都會在第一時間撲滅，去年10月開始也採取更積極監測程序，過去地方主動通報按例確診需要兩至三天，但去年10月採更積極作為，縮短時間，通報後就立即確定是否撲殺，並把案例放到網站，公開透明。
強化禽流感預警監測工作 一年監測1400間禽場
黃金城則表示，冬天花最多時間處理禽流感防疫，為強化禽流感預警監測工作，例行性禽流感監測措施採取強化預警機制，禽場年度監測場數達1,400場，同時提高鴨場主動監測採檢數為原採樣數2倍，預計達250場；另外配合冬候鳥來臺期間提升棲地排遺採檢數，10月至隔年4月份每月採樣數自150件提高為400件以上，同時執行其他易感動物監測，包含前揭禽場及候野鳥監測每年計檢測約2萬5千件。
黃金城表示，除了新進病毒防治，也針對舊有病毒做管制，查出到底躲在哪個環節，現在唯一留在環境裡、危害最大的病毒就是H5N2，去年12月11日起分別對鴨場、土雞場及蛋雞辦理主動監測強化措施，以早期發現案例，及時處置，降低禽流感發生及傳播風險。
鴨場分兩階段管制 今年冬天所有鴨場將篩選完
以鴨場來說，分兩階段執行，第一階段為自去年12月11日起至今年1月15日止，針對違反「H5、H7亞型家禽流行性感冒防治措施」的鴨場進行監測，已採59場，其中5場不合格；第二階段則是自今年1月16日至3月31日止，上市鴨隻應經核可的檢驗單位檢驗禽流感陰性，並檢附檢驗報告始才能上市屠宰，陳金城強調，今年冬天期間就會把所有鴨場全都篩選過一遍。
土雞主要在賣雞時才感染 將限縮五天內出清
在土雞部分，自去年12月11日至今年3月31日止，啟動土雞場強化監測，一個月檢測90場，目前已採69場，未有不合格。黃金城解釋，去年禽流感案例，土雞部分都是在開始賣雞後才被感染，95%土雞飼養時都是乾淨的，是在開始賣雞後，因為進出造成病毒傳播。因此，今年土雞將從原來出雞一禮拜到50幾天的狀況，改為限縮5天內出清，降低病毒感染機率。
蛋雞不要混養 分棟、分區飼養
在蛋雞部分，今年蛋雞主動監測全年採樣數，由現行實際執行數180場增加為360場。黃金城表示，40%蛋雞檢驗到抗體存在，意味曾被病毒感染過，有可能病毒還在體內循環，針對蛋雞抗體陽性，在採取採樣檢驗時，有病毒活性的就會淘汰，「我們希望未來蛋雞老中青不要混養，分棟分區飼養」。
未來調整產業結構 朝向畜牧場分級管制
黃金城表示，真正解決疫情方式還是需要調整整個產業結構，「如果你不調整，鴨子一直飼養在外面水池，蛋雞周圍沒有隔離，一旦新病毒進來，這些都是高風險」因此畜牧處也不斷溝通，希望輔導讓產業升級。而陳吉仲也說，針對畜禽業生產結構調整，農委會一直有在規劃，不然農民生物安全沒做好，即使努力防疫，還是無法有效因應，「且每年撲殺補償、全國動員費用全國動員還不如花在產業結構調整。」不過一切計劃都還在討論中，尚未有具體計劃。
另外，黃金城也進一步指出，未來會朝向將畜牧場分A、B、C等級，若A、B等級畜牧場得禽流感補償費用維持不變，但針對毫無防治措施、完全開放性的C級畜牧場，最多的就是養鴨場，會採取調降禽流感撲殺補償費用，或限制期限內不提升飼養環境，以裁罰方式處理，「不過畜牧處仍在規劃，畢竟這牽涉農民財產問題」這做法是鼓勵C級畜牧場提升環境，「不然現在你說，憑什麼他有補償你沒有補償，我也是合法養，用這種分級方式推他一把，從C升級到B級，雖然即使最高級也有機率得禽流感，但防疫有做就會有效，感染機率會下降。」
