台積電即將大舉進駐南科四期沙崙園區，然而，開發範圍高達507公頃，與瀕臨絕種的東方草鴞的核心棲地高度重疊，開發單位雖推出「生態補償方案」，但範圍過小不足以讓草鴞生存，環團更揭露，預定作為生態補償區域的深坑子農場，竟已有約 17 公頃將開發成光電場，草鴞棲地陷入四面楚歌的境地。
環團批補償方案嚴重失衡，草鴞生存地損失124公頃
台南社大環境行動小組召集人黃煥彰指出，沙崙農場與二仁溪流域是目前全台灣唯一夜間可以目擊草鴞，甚至目擊率可高達九成的核心棲地。他表示，沙崙農場現主要是以人工林為棲息環境的樹棲型生態系，以及以農地和牧草地為棲地的草生地生態系，這兩大生態系統交織而成。在農業部林業及自然保育署 2023 年 9 月的保育策略中，更明定草鴞應達到「巢區與覓食區零損失」原則。
然而，檢視南科四期的生態補償規劃，開發案佔用 263.36 公頃農地與 222.29 公頃人工林。在開發單位公布的區外補償方案中，補償人工林有 162.8 公頃，農地卻只有 75.24 公頃。若算入園區內部留存的林地 66.64 公頃，樹棲型棲地總計獲得超過 222.29 公頃，對樹棲型鳥類達成「零損失」；但對極度依賴大面積平原牧草地覓食的草鴞而言，園區留存 63.43 公頃加上補償 75.24 公頃僅 138.67 公頃，扣除原本的 263.36 公頃農地，草生地淨損失達 124 公頃。
草鴞棲地極度破碎化，無法滿足大範圍覓食需求
黃煥彰痛批，現在的補償方案「非常欺負草鴞」，南邊留給草鴞棲息的位置又面臨「左有滯洪池、前有台積電 12 個廠、右及下方又要拓寬道路 50 米」的四面楚歌環境，且目前規劃的虎山農場（二橋、中洲段）與北沙崙農場（港墘段）等區外補償地距離遙遠且極度破碎化，完全無法滿足草鴞連續性大範圍覓食的需求。
甚至，若連同北沙崙未來陸續劃入開發，面積共計近千公頃的南北沙崙，合計將徹底流失約 500 公頃的平原農地與牧草地，「希望南科跟台積電都必須提出合理的生態保育計劃。」
陳昭姿：台積電曾允諾草鴞數量要成長，不能背道而馳
台南社區大學環境行動小組研究員晁瑞光表示，中南部的草鴞族群正逐年下降，原因包括近 20 年，不斷損失大面積的農地、荒草地，被開發成科學園區或太陽能光電，「是非常危險的事情。」晁瑞光說，草鴞飛行速度快又廣，可以跨非常大範圍地活動去覓食老鼠，根據觀察，在規劃用於發電廠及停車場等附屬設施的 11.29 公頃範圍中，「近兩個月，草鴞幾乎天天出現」，因此應以迴避草鴞熱區為優先。
立委陳昭姿提到，南科四期開發廠房面積，有 9 成以上將進駐台積電廠房，台積電董事長魏哲家在 6 月時提到草鴞數量要成長，但陳昭姿指出，「南科四期卻可能破壞棲地，務必請南科協助台積電打造正面的國際 ESG 形象；南科絕對不能用面積不實的補償方式來過關。」
生態補償地竟有光電開發案，環團要求立即撤案
除了區外補償面積不對等外，更引發環團反彈的是預定作為生態補償專區的深坑子農場的利用狀況。
台灣濕地保護聯盟理事長謝宜臻指出，深坑子農場在一階環評，就已經劃定為生態補償用地，且行政院顧問李孟諺也一再說明，這一塊 100 多公頃的土地是作為生態補償的區域。然而在二階環評檢視時，卻發現深坑子農場已有 17.56 公頃土地被劃為太陽能光電場域，業者甚至已取得電業籌設許可並進入締約階段。
由於光電合約長達 20 年以上，謝宜臻擔心，一旦施工將嚴重侵蝕草鴞補償空間；既然南管局已將深坑子農場劃定為生態補償區，就應信守承諾，行政院與經濟部應立即撤回或廢止深坑子農場光電出租案。
草鴞族群數量下修，環團憂明年將動工，草鴞面臨生存危機
蘋果鳥里山基金環境信託基金籌備處執行長曾瀧永則提到草鴞數量的問題，原先林保署提供的數據約為 300-500 隻，但後來根據嘉義大學副教授蔡若詩的模型預估，變成 158 對，2025 年的最新報告又下修，目前預估的南部草鴞族群數量僅有 110-116 對。面對魏哲家董事長提到的「成長到 400 隻」的願景，他直言，「草鴞實際保育的困難比大家想的更難。」
曾瀧永表示，過去高雄科技園區動工開發後，高雄市草鴞族群幾乎走向崩潰，目前僅剩約 4 至 5 對；而台南曾文溪族群在過去三年內亦以下降 45% 的速度急遽減少。若沙崙農場核心棲地再遭破壞，台南草鴞將面臨全數滅絕的悲劇。他提到，目前規劃將深坑子農場林地轉換為草生地，但在短時間內克服光電案干擾與林地轉型有許多實際困難需要克服，需要政府跨部會的大力投入。
曾瀧永強調，深坑子農場的地理位置是草鴞保育的重中之重，若能將深坑子農場轉型為 75% 大面積草生地，可東側連結關廟淺山丘陵、東南側連結南一高爾夫球場 91 公頃綠帶，並沿安保溪、深坑子溪連接二仁溪，形成完整的草鴞保育生態廊道。
令現場環團擔憂的是，南科四期可能在明年通過二階環評、年底可能就要動工開發，南管局承諾的「生態先行」要趕快確定計劃並執行，「草鴞是等不及的」。黃煥彰更直言，如果明年台積電動工後沙崙看不到草鴞，國際媒體來報導的時候，「那才是問題的開始」，最終將由台積電付出代價。
南管局：將綜整各方意見，林保署：協助南管局滾動調整策略
針對補償失衡的不公平疑慮，南科管理局副局長李信昌並未正面回應環團公平與否，僅表示「在未來會調整。」並表示會綜整各方意見，納入本案環評的環境保育政策。針對迴避約 11.29 公頃、位在附屬設施的熱區，南科局也納入替代方案進行評估。
林保署副署長張岱表示，林保署已積極參與檢討保育策略，協助南管局滾動調整。針對草生地的規劃，張岱指出，現在已有光達或空拍影像判斷，可以指認出某些地區有機會改變成草生地，但究竟應該有多少面積變成草生地，有待整體規劃確定後，再去執行；為避免一次性大規模施工對既有生態造成劇烈衝擊，林保署也主張採分區方式逐步轉型。
國科會產學及園區業務處處長林德生表示，經濟發展與生態保育都很重要，沙崙開發以生態先行概念規劃，會依照會議決議繼續努力；台糖農業經營處處長張進興則回應，台糖目前區外土地會配合整體規劃，如果有需要調整為草生地，台糖將願意配合調整。
光電案場爭議，申請業者仍處於土地變更審查階段
針對深坑子農場爆出 17.56 公頃光電案場的「兩面手法」爭議，經濟部能源署副組長張群立澄清，2025 年後未有新案申請與核准，該案屬於 2025 年以前核准的既有舊案，目前僅有一家業者取得電業籌設許可。張群立強調，「取得籌設許可並不代表業者可以直接進場施工」，後續仍須通過土地變更編定、取得土地開發許可與施工許可等程序。以目前了解，還在農地變更審查階段。
針對土地變更進度，農業部農糧署主任秘書陳立儀與台南市政府農業局科長朱健明則說明，該案由市府送交農糧署審查後，因業者補件資料至今尚未齊全，目前仍處於審查階段、並未同意過關，後續將要求開發單位說明並做整體考量。針對可否撤案，未來會再請經發局說明。
