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美國農業部強調新發生的案例為「非典型狂牛症」，牛隻發病的原因應為自發性，而非攝入帶有普恩變異蛋白肉骨粉的飼料所造成，也不會傳染給人，周晉澄認為這樣的推論言之過早。
他指出，與歐洲、日本及加拿大相較，美國牛肉生產履歷系統建置得不完全，美國官方迄今對新發現狂牛病例的牛隻流行病史交待不清，突顯美國牛隻的生產管理仍有極大的改善空間，未來仍可能籠罩在狂牛症的陰影下。從美國的例子，也可以發現引發狂牛症的病原「普恩變異蛋白」基因會發生變異，不可輕視。
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狂牛症正式名稱為牛海綿狀腦病（bovine spongiform encephalopathy，BSE），染病的牛隻腦組織會有類似海綿構造的微小空洞，症狀是搖頭晃腦、動作不協調、後肢無力、性情狂躁，最後倒地死亡。經過調查，造成狂牛病的病原是一種變異的普恩蛋白（prion protein, PrPC），人類若感染變異普恩蛋白則被稱為–變異型庫賈氏症(variantCJD)，會發生急速失智，言語和行動能力失調。
根據研究，牛隻感染狂牛症，主要是攝入受到變異普恩蛋白污染的飼料，如骨粉、肉骨粉而發病，而牛隻容易感染變異普恩蛋白的特定組織與器官，通稱之為特定危險物質(SRM )。人發生變異性庫賈氏病(vCJD)，則是因為攝入遭受特定危險物質(SRM)污染的牛肉或牛肉製品所造成。
所謂的特定危險物質(SRM )，包括牛腦、脊髓、迴腸與扁桃腺等帶有變異普恩蛋白的高風險部位。牛隻從屠宰到封包的過程中，以絞肉為例，有可能混入高風險部位的周圍神經，牛舌根部的扁桃腺若未切除乾淨，也有機會被吃入體內，牛內臟也可能混進帶有變性蛋白的淋巴組織，骨頭裡的骨髓也可能含有極其微量而無法被檢測出來的變性普恩蛋白，風險相對較高，因此許多專家反對開放進口牛絞肉、牛內臟、牛舌等。
不過根據台美牛肉議定書，針對美國牛肉開放的品項為30月齡以下牛隻的肉及其產品，包括帶骨及不帶骨，迴腸末端及扁桃腺必須去除，頭顱、腦、眼睛、脊髓原則上不進口，但內臟及絞肉可以進口，在國內引發對於美牛食用安全的爭議。因此立法院修改食品衛生管理法，規定「近十年內有發生牛海綿狀腦病或新型庫賈氏症病例之國家或地區牛隻之頭骨、腦、眼睛、脊髓、絞肉、內臟及其他相關產製品」，不得輸入，因此美牛內臟與絞肉才被禁止進口。
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政府為了宣示保障國民食品安全的決心，強調針對進口牛肉採取「三管五卡」的措施。「三管」就是管源頭、管邊境、管市場；「五卡」則是五道邊境關卡，包括核對各項證明文件、明確標示產品資訊、開箱進行嚴密檢查、切實檢驗食品安全、資訊連線即時查明。
從決戰境外，以及產地到餐桌的管理角度來說，「管源頭」最為重要，因此政府強調每年都會派遣專家、獸醫師、衛生署及農委會等相關部會官員組團，共同前往牛肉出口國實地查核輸台牛肉工廠，確認其防範狂牛症的食品衛生安全措施，是否符合我國要求。
然而周晉澄認為，與日本相比，台灣派遣官員組團到美國牛肉輸台工廠進行「查核」的嚴謹度，只能算是「訪視」，因為所有行程都是美方官員特別安排的，而且訪視的比例也很有限。
台灣目前核准美國52間牛肉工廠輸台，但以前年（99年）為例，只訪視了6間，去年（100年）更只訪視了3間。雖然官方強調這幾間工廠輸台牛肉的數量，佔了全部美國輸台牛肉的四至五成以上，查核的結果具有代表性，但周晉澄認為政府赴美查廠一年只有一次，而且農委會防檢局只派一位獸醫師駐美，平常這位獸醫師忙於行政與公文處理就分身乏術，如何能真正落實查廠把關的責任？
周晉澄呼籲，從市場上驗出多件美國牛肉殘留瘦肉精萊克多巴胺，可知政府「三管五卡」早已破功，面對危害性更高的狂牛症，政府實在有必要仿照日本，增派獸醫師駐美進行肉品屠宰檢查業務，為國人的食品安全把關。
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