（新增：立法院於17日凌晨三讀通過「農田水利會組織通則第二十三條、第三十五條、第四十條修正草案」，農田水利會正式改制公務機關）
立法院臨時會今（16）日處理「農田水利會組織通則修正草案」三讀，此案攸關農田水利會是否改制為公務機關，但朝野協商失敗，目前進入院會對抗，國民黨以冗長發言拖延議事行程，但民進黨也提案延長開會時間，預計將挑燈夜戰至此案處理完畢。
而水利會改制正反兩派意見均大動作表態，雲林水利會號召上千名農民到立法院抗議反對改制；而高雄水利會則動員600多名農民到農委會表達支持改制。
雲林水利會號召千名水利會幹部農民抗議
雲林水利會號召各個水利會幹部及農民在立院前抗議，包括北基、瑠公、七星、桃園、新竹、苗栗、台中、南投、彰化、雲林、嘉南、高雄、屏東和花東等14個水利會會員和農民代表參與。
「反對政府收編水利會」、「侵佔農民財產，剝削農民權益」，上千名農民在立法院前拉起布條抗議，反對水利會改制，抗議農民表示，「反對官派會長！本來在蔣經國時代就已經還政於民，現在政治力量卻要介入，會造成整個水利會走樣」、「水利會財產都是人民捐獻，怎麼可以收歸國有？就算是設立專款專用，但機制也是政府自己派的人，怎麼知道他是不是真的有做到專款專用？」對於農業用水問題，農民也質疑，「政府會以利益為優先考量，將來就是工業用水凌駕農業用水，農民用水權利大受影響，進而造成農作物越來越稀少。」
抗議活動總指揮、雲林農田水利會會長林文瑞表示，「非常不滿改制、水利會會長官派」，台灣農田水利事業，從清朝開始，百年來都是地方自治團體，照顧所有農民會員用水權利，這是民主自治，農民早期出地、出力，共同開發水圳引水灌溉，才有農田水利事業，「今天政府卻用假改革，用盡一切抹黑手段，說水利會不受監督、接受政府九成補助，什麼謊話都說出來！」
「今天改制成公務機關，就是涉嫌搶奪人民財產，而且改制後也無法讓農田水利發展更好，只會降低農民服務品質，反而造成農民權利受損」林文瑞強調，「我個人支持改革，但是不能行改革之名，做出違背農民、社會行為」，希望政府重新審視改制公務機關的決定，先有配套措施再去談改制。
吳敦義：政府強取豪奪水利會財產
國民黨主席吳敦義則表示，1955年水利法規定水利自治機關是公法人，1993年更是通過農田水利法的組織通則，基本上水利會就是公法人，預算經由農委會核准，工程採購也依照政府採購法，接受農委會監督，吳敦義強調，「可以管理，為什麼要用突襲方式？根本是蠻橫霸道並強取豪奪水利會財產。」政府應該好好坐下來討論檢討，用什麼方式提高水利會營運效益，增加各種水利需求配合，這是合理合情不霸道作法，「但今天民進黨用霸道方式，勉強二讀通過，三讀也是同樣手法，我們反對到底，希望大家尊重農民。」
全國農會理事長蕭景田則質疑，現在水利會會長都是幾百萬農民一票一票投出來的，改為官派之後，會長高高坐辦公桌，「如果農民有問題，像是颱風、水災問題，改為公務機關後，有辦法像現在一樣處理速度這麼快嗎？」
「政府現在搶錢、搶水、搶人權」，立委張麗善指出，農田水利會百年歷史，每個灌溉、排水都是農民自己出錢、出力興建，「今天政府竟然完全不聽農民心聲，只用派令就要收回財產跟權利，剝奪人民財產；而在水權上，如果改為政府機關，農民用水權利不能由農民自己主張，改成政府調配，有可能工業用水凌駕農業用水；在選舉權上，水利會會長向來由農民直選，這是民主進步原則，但是今天政府卻連選舉權都要拿走，「水利會顧不了，接下來就是農會、漁會，一步步剝奪人民權利，是開民主倒車。」
立委林為洲也表示，如果水利會能收歸國有，那將來農會、漁會都能收歸國有了，「憲法保障人民財產權，政府卻將人民財產收歸國有，這樣可以嗎？」
農委會：水利會改制後將由政府挹注農田水利基礎建設
對於外界質疑政府將人民財產收歸國有，農委會一再強調，自1994年起農田水利會會費由政府全額補助，且政府補助農田水利會營運、工程的經費也超過1,200億，若無政府持續挹注經費，農田水利設施恐怕已難發揮灌溉給水功能，農委會也強調，水利會改制後，政府會編列經費挹注農田水利基礎建設，水利會的現金、非水利事業用資產將成立特種基金，其收益及盈餘將專款專用於農田水利事業，辦理渠道改善及清淤，並無政府侵佔民產的情形。
而水利會會長將改由官派？農委會副主委陳吉仲日前受訪解釋，農田水利會既然納入公務機關，其首長就屬於政府機關公務員，並無官派問題。至於工業用水是否凌駕農業用水？陳吉仲也解釋，改制後，水利會將成為農業部轄下的農田水利署各地分署，「是三級機關，」地位等同經濟部水利署，堅信未來談水資源分配時，農業用水不會矮工業用水一階，農、工業用水資源分配更能「平起平坐。」
高雄等9水利會支持改制
另一方面，為表達對水利會改制的支持，高雄農田水利會也號召宜蘭、石門、新竹、苗栗、彰化，南投、嘉南及屏東等9個水利會，約600多名水利會代表、農民。
9個農田水利會也發表共同聲明，提出「三個支持、三個同意」，三個支持包括支持農田水利會改制成公務機關，擴大農田灌溉面積，提升國家糧食生產；支持政府賦予水利會公權力，維護水質安全；支持政府投入前曕預算，降低農田水利溝渠漏水率。
三個同意則包括同意農委會保障現有水利會員工的工作權益，維持現行職務等級與升遷制度的雙軌並存改制案；同意農委會將農田水利會資產繼續供農田水利事業使用，專款專用，政府同時持續以公務預算投資農田水利建設；同意農委會保留現有工作站與水利小組運作方式，不因改制而消滅。
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