2014年4月29日衛生福利部食品藥物管理署召開「含基因改造原料食品之標示」專家會議，邀請學者、業者、本會及相關民間團體共同研商《食品安全衛生管理法》中基改食品標示辦法。
其中引起普遍關切的標示容許量（非故意攙雜容許量）標準，決議將於2016年由現行基改原料超過5%須標示，下修至3%。主席並當場總結，食藥署屆時需具體評估業界執行情況、國際原料貨源供應等因素，未來不排除比照歐盟0.9%以上基改原料，即應強制標示「含基因改造成分」等。另外一項進展是，散裝食品及添加物若含基改成份，將要求強制標示。
針對此會議之決議，主婦聯盟環境保護基金會重申四點聲明如下：
一、國人大量食用基改黃豆，標示容許量應相對嚴格。
現階段考量實際執行層面的可行性，標示容許量調降如未能一次到位下修至0.9%的歐盟標準，未來政府應擬訂計畫分階段逐步達成，才能降低消費者食用基改食品的風險。
二、要求未來高層次加工品亦需強制標示。
本會樂見主管單位終於將散裝基改食品和含基改成份之添加物之強制標示納入規範。惟對會議中決議，高層次加工品如醬油、沙拉油等品項仍維持不標示，甚表遺憾。為使得消費者獲得充分資訊，呼籲未來相關配套措施如追蹤追溯制度建立完善後，應仍仿效歐盟的規範，高層次加工品亦須標示為基因改造來源。
三、盡速訂定實施基改食品相關追溯或追蹤系統。
本會呼籲主管機關應落實《食品安全衛生管理法》第九條及第二十一條，盡速訂立基改食品相關追溯或追蹤系統之建立、應記錄之事項、查核等辦法。而進口及製造業者亦應體察消費者需求，及早因應建立基因改造食品原料供應來源及流向之追溯或追蹤系統，使民眾對食品的知情權「從海關到餐桌」都能獲得保障，創造業者與消費者雙贏的局面。
四、即刻落實校園團膳中基改食品的標示。
校園午餐攸關全國學童健康，中央主管機關和地方政府應正面回應親師生的疑慮，盡速規畫全面供應非基改原料食材，現階段則需即刻落實校園團膳中基改食品的標示，為校園食安把關。
