莫蘭蒂、梅姬雙颱接連橫掃，農民預估目前全台毛豆、大豆類雜糧損失面積至少有8成，幾乎全軍覆沒，天災之後，面對復耕更是抱著頭燒。
農民反映，雜糧轉作一旦登記栽種品項，即便碰上天候不順，中途也不能再更換栽種項目，往往只有兩條路選，（1）繼續種當初登記的雜糧，可請領轉作金，但是可能已過了適合栽種期、仍按法規續種，即便種子泡水、收成掛蛋；（2）改種其它作物，或許有收成，但不能領取原本的雜糧轉作補助金，隔年相同的栽種時期（例如二期轉作）也將被取消申請資格。
農友大呼不合理，認為「我們只是要有收成！而不是要鑽漏洞！」農友及相關學者也呼籲農糧署儘速盤點雜糧作物現況，針對市場需求擬定施種方針，研究出適育品種，才不會讓農民如無頭蒼蠅般胡亂施種，造成投入資財與產量不成正比；供、需不同調的窘境。
農友：特殊狀況應開放農民轉作
雲林農友陳韻如反映，「改種等於完全脫離當初申報雜糧轉作體系」，不但不能領原本的轉作補助金，未來若改種作物又遇到天然災害，因為種的作物跟當初申請的作物不一樣，而沒辦法申請災害補助、轉作補助，損失只能自行負擔。
在台南佳里種植芝麻和大豆的農民蘇榮燦也表示，原本申報契作芝麻、豆子，但持續遇上大雨，待土乾再復耕，已經過了適種期，勉強種下去，只是浪費種子，毫無收成，但若改種其它作物，例如這時天氣適合種小麥，又因為品項與當初登記不符合，而不能領取轉作補助金，建議農政單位應開放農民在特殊情形下得以變更種植品項。
農糧署：可以變更，但時間已過
針對農民疑惑，農糧署糧食產業組長林傳奇表示，雖然農友都要在每年1月31日前申報當年度一、二期施種作物，但天候難預測，也有針對二期作保留補變作業期間，農民可在補變期間內提出變更作物申請。
根據農糧署資料，屏東地區補變期為6月1日～6月30日；台南、嘉義地區為6月16日～7月15日；雲林地區為7月18日～8月19日；中彰投為7月18日～8月17日；苗栗以北地區為8月1日～8月31日；宜蘭、台東為7月1日～7月31日；花蓮為7月1日～7月14日。
「但有時候天災來臨時已經過了補變作業期間。」林傳奇表示，但這時候也代表已經瀕臨二期契作中後期，「這段期間內農民還要考慮秋颱、適種期快結束等風險。」建議農民不需急在二期作期間內改種。
林傳奇強調，在補變申請結束前，農民都可以變更施種項目，若天災發生在補變期之後，農民可能已經施種，這時農民可以災損補助，過了這一期後也能改種其他雜糧作物。
學者：政府應盤點整體雜供需 鼓勵農民參與意見
「其實補助不是重點，重點是我們不想浪費種子，我們想要有收成！」蘇榮燦更直言，政府把雜糧轉作相關限制訂得太細，「有時候我們發現更符合市場需求的作物，但卻不在補助項目中。」導致有心的農民很難發揮，只能自行承擔栽種風險。
「國家確實有誠意要輔導雜糧，但真的還沒有準備好！」但農友馬聿安指出，其實轉作雜糧最主要的目的是為了取代二期稻作，但雜糧的穩定性都還不夠，「無論是產量、市場通路都還不夠穩定！」政府需要好好思考未來雜糧整體發展政策。
中興大學農藝系教授陳宗禮表示，農糧署確實要趕快開始盤點雜糧作物的供需情況，「不僅是需求量，還要統計出每項作物究竟投入多少地、多少人。」近幾年大概只有飼料玉米有比較大動作的盤點，但甘藷、黃豆、大豆、毛豆等作物還是有待加強。
陳宗禮更解釋，農糧署必須統計出台灣一年各雜糧作物的需求量是多少，「黑豆就去問問相關的醬油產業；黃豆就去調查豆漿、豆腐產業；小麥就去研究麵包店需要什麼樣的小麥。」建議各地農改場找出當地適種的作物、品種，搭配省工機器大規模適地適種，才能讓雜糧作物價格、產量、品質符合市場需求。
陳宗禮也建議，農糧署可以放寬補助作物品項認定彈性，當農民發現新興作物有市場性，而不在補助範圍內時，有管道可以上報中央，由中央綜合評估發展潛力，補助不等金額，「這可以讓雜糧市場更活絡。」
